# Galaxy **URL:** https://community.france-bioinformatique.fr/c/galaxy/8.md [Récents](https://community.france-bioinformatique.fr/latest.md) · [Catégories](https://community.france-bioinformatique.fr/categories.md) · [Étiquettes](https://community.france-bioinformatique.fr/tags.md) --- ## [FTP usegalaxy.fr](https://community.france-bioinformatique.fr/t/ftp-usegalaxy-fr/1453)
**Author:** [@lgueguen](https://community.france-bioinformatique.fr/u/lgueguen)\ **Réponses:** 0\ **Dernière mise à jour :** [Septembre 20, 2021, 9:30 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/ftp-usegalaxy-fr/1453 "2021-09-20T09:30:54Z")
Bonjour, J'ai eu une demande en local (support.abims) pour savoir comment se connecter au serveur ftp de usegalaxy en ligne de commande. Je copie ici la solution proposée afin d'en faire bénéficier le plus grand nombre … --- ## [README: before request a Galaxy quota extension](https://community.france-bioinformatique.fr/t/readme-before-request-a-galaxy-quota-extension/933)
**Author:** [@gildaslecorguille](https://community.france-bioinformatique.fr/u/gildaslecorguille)\ **Réponses:** 0\ **Dernière mise à jour :** [Janvier 28, 2021, 9:05 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/readme-before-request-a-galaxy-quota-extension/933 "2021-01-28T09:05:43Z")
:uk: In order to effectively free space and optimize the storage capacity of our servers, please do not forget to clean regularly your datasets and histories by clicking on the small gear at the top of your history ("Pu… --- ## [À propos de la catégorie Galaxy](https://community.france-bioinformatique.fr/t/a-propos-de-la-categorie-galaxy/295)
**Author:** [@gildaslecorguille](https://community.france-bioinformatique.fr/u/gildaslecorguille)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Juin 2, 2020, 3:34 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/a-propos-de-la-categorie-galaxy/295 "2020-06-02T15:34:44Z")
For any questions, issues and request regarding usegalaxy.fr and its subdomains \*.usegalaxy.fr --- ## [Formation en cours: Jobs qui ne se terminent pas](https://community.france-bioinformatique.fr/t/formation-en-cours-jobs-qui-ne-se-terminent-pas/6892)
**Author:** [@slegras](https://community.france-bioinformatique.fr/u/slegras)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Septembre 28, 2026, 11:18 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/formation-en-cours-jobs-qui-ne-se-terminent-pas/6892 "2026-09-28T11:18:56Z")
Bonjour, Nous avons une formation en cours à l'heure actuelle (du 28 au 30 Septembre ; ngs-stras-cnrs-2026) et les jobs qui sont sensés se terminer très rapidement (outil falco) ne le sont toujours pas. Pourriez vous r… --- ## [Mémoire allouée](https://community.france-bioinformatique.fr/t/memoire-allouee/6885)
**Author:** [@cel](https://community.france-bioinformatique.fr/u/cel)\ **Réponses:** 4\ **Dernière mise à jour :** [Septembre 7, 2026, 3:16 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/memoire-allouee/6885 "2026-09-07T15:16:06Z")
Bonjour, Je mets actuellement à jour une formation lors de laquelle je souhaiterais utiliser l’outil « Convert GTF to BED12 ». Cependant avec la version d’annotations que je souhaite utiliser (GTF d’Ensembl 116) j’obtie… --- ## [Demande d'installation de RGI card](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-dinstallation-de-rgi-card/6886)
**Author:** [@fmareuil](https://community.france-bioinformatique.fr/u/fmareuil)\ **Réponses:** 2\ **Dernière mise à jour :** [Septembre 7, 2026, 2:16 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-dinstallation-de-rgi-card/6886 "2026-09-07T14:16:30Z")
Bonjour, Est ce que ça serait possible d'installer l'outil RGI card ? Galaxy Tool Shed Merci d'avance, Fabien --- ## [Extension de la capacité de stockage](https://community.france-bioinformatique.fr/t/extension-de-la-capacite-de-stockage/6863)
**Author:** [@Yosra](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Yosra)\ **Réponses:** 3\ **Dernière mise à jour :** [Août 24, 2026, 8:23 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/extension-de-la-capacite-de-stockage/6863 "2026-08-24T08:23:08Z")
Bonjour, J'ai un grand set de données en MSMS, j'ai supprimé mes anciens historiques mais toujours pas assez, pourrai je vous demander d'augmenter ma capacité à 200 pour les prochaines 6 mois? Merci --- ## [Problème Galaxy?](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-galaxy/6874)
**Author:** [@GabryelleAgoutin](https://community.france-bioinformatique.fr/u/GabryelleAgoutin)\ **Réponses:** 4\ **Dernière mise à jour :** [Août 3, 2026, 7:55 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-galaxy/6874 "2026-08-03T07:55:26Z")
Bonjour @team.galaxy J'ai un de mes collègues qui me dit qu'il a essayé plusieurs fois de lancer les analyses sur galaxy IFB mais qu'il est tout le temps « queued » même après une nuit et même quand il relance. J'ai aus… --- ## [Job galaxy tournant dans le vide](https://community.france-bioinformatique.fr/t/job-galaxy-tournant-dans-le-vide/6842)
**Author:** [@cmigne](https://community.france-bioinformatique.fr/u/cmigne)\ **Réponses:** 19\ **Dernière mise à jour :** [Juillet 21, 2026, 12:55 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/job-galaxy-tournant-dans-le-vide/6842 "2026-07-21T12:55:58Z")
Bonjour, j'ai lancé des analyses lundi qui normalement tournent assez rapidement (moins de 10 min/fichier de la dataset collection). En consultant mon historique aujourd'hui, cela tourne encore: Cela ne vient pas des… --- ## [Problème upload Galaxy france](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-upload-galaxy-france/6870)
**Author:** [@Baliarda](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Baliarda)\ **Réponses:** 3\ **Dernière mise à jour :** [Juillet 21, 2026, 7:27 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-upload-galaxy-france/6870 "2026-07-21T07:27:33Z")
Bonjour, J'essaie de charger une archive tar depuis ce matin et elle est toujours dans la queue de téléchargement. Rencontrez-vous un souci technique aujourd'hui? Merci d'avance --- ## [Pbl fonctionnement Galaxy](https://community.france-bioinformatique.fr/t/pbl-fonctionnement-galaxy/6860)
**Author:** [@mlagree](https://community.france-bioinformatique.fr/u/mlagree)\ **Réponses:** 6\ **Dernière mise à jour :** [Juillet 15, 2026, 9:31 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/pbl-fonctionnement-galaxy/6860 "2026-07-15T09:31:26Z")
Bonjour, je n'arrive plus à exécuter de jobs sous Galaxy. Les jobs restent bloqués en "pause" depuis hier après-midi. Auriez-vous une solution pour me débloquer svp? Merci par avance Marie --- ## [Augmentation d'espace disque](https://community.france-bioinformatique.fr/t/augmentation-despace-disque/6857)
**Author:** [@dcenteno](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dcenteno)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Juillet 8, 2026, 9:15 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/augmentation-despace-disque/6857 "2026-07-08T09:15:42Z")
Bonjour, Serait-il possible d'augmenter mon espace de disque Galaxy à 350 GB pour des projets qui vont arriver mi août avec un nombre assez importants de data svp ? D'avance merci Cordialement, --- ## [Demande : augmentation espace disque](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-augmentation-espace-disque/6856)
**Author:** [@cTALLEU](https://community.france-bioinformatique.fr/u/cTALLEU)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Juillet 8, 2026, 9:13 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-augmentation-espace-disque/6856 "2026-07-08T09:13:39Z")
Bonjour, Est-il possible d'augmenter provisoirement mon espace de disque Galaxy à 500 GB afin que je puisse terminer l'analyse des séquences de mon projet de thèse ? Bien à vous. --- ## [Galaxy history graph view](https://community.france-bioinformatique.fr/t/galaxy-history-graph-view/6851)
**Author:** [@etiennejls](https://community.france-bioinformatique.fr/u/etiennejls)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Juillet 8, 2026, 7:57 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/galaxy-history-graph-view/6851 "2026-07-08T07:57:08Z")
En assistant à la GCC la semaine dernière, j'ai appris l'existence de la fonctionnalité de vue en forme de graphe des historiques galaxy. Cette fonctionnalité est déjà active sur usegalaxy.eu et je me demandais quand ell… --- ## [Mise a disposition de nouvelles banques pour FROGS](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454)
**Author:** [@geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/u/geraldinepascal)\ **Réponses:** 61\ **Dernière mise à jour :** [Juillet 6, 2026, 2:00 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454 "2026-07-06T14:00:58Z")
Bonjour, Pourriez-vous intégrer à l’outil FROGS 4.1 Taxonomic affiliation, les banques de données http://genoweb.toulouse.inra.fr/frogs\_databanks/assignation/GTDB/16S-ITS-23S-DB\_GTDB\_08-RS214.tar.gz http://genoweb.tou… --- ## [Chargement de data en pause depuis 2 jours](https://community.france-bioinformatique.fr/t/chargement-de-data-en-pause-depuis-2-jours/6839)
**Author:** [@dcenteno](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dcenteno)\ **Réponses:** 2\ **Dernière mise à jour :** [Juin 19, 2026, 9:18 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/chargement-de-data-en-pause-depuis-2-jours/6839 "2026-06-19T09:18:18Z")
J'ai un projet dans lequel je charge mes données mais une partie reste en pause. Pourriez-vous m'indiquer quel est le problème ? --- ## [Demande d'augmentation de stockage galaxy](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-daugmentation-de-stockage-galaxy/6847)
**Author:** [@vs-bacvir-t5](https://community.france-bioinformatique.fr/u/vs-bacvir-t5)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Juin 19, 2026, 9:14 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-daugmentation-de-stockage-galaxy/6847 "2026-06-19T09:14:02Z")
bonjour, j'ai récemment reçu des résultats de transcriptomique que je souhaite traiter sur galaxy. Ayant près de 150Go de fichiers à traiter, serait-il possible d'augmenter l'espace de stockage à 1To pour environs 6 moi… --- ## [Request for increased storage space on Galaxy](https://community.france-bioinformatique.fr/t/request-for-increased-storage-space-on-galaxy/6850)
**Author:** [@Yasmine](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Yasmine)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Juin 19, 2026, 9:10 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/request-for-increased-storage-space-on-galaxy/6850 "2026-06-19T09:10:16Z")
Dear IFB support, I am running an RNA-Seq pipeline using HISAT2 and DESeq2. My raw dataset size has caused me to hit my 100 GB limit. Could I please request a temporary quota extension to 250 GB (or 500 GB) for the next… --- ## [Stockage supplémentaire de 500 Go](https://community.france-bioinformatique.fr/t/stockage-supplementaire-de-500-go/6849)
**Author:** [@icaldea](https://community.france-bioinformatique.fr/u/icaldea)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Juin 19, 2026, 9:01 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/stockage-supplementaire-de-500-go/6849 "2026-06-19T09:01:46Z")
Bonjour, Je suis en train d'analyser un jeu de données de transcriptomiques très lourds et j'aurais besoin d'au moins 500 Go de façon transitoire, svp. D'avance je vous remercie Isabelle Caldelari --- ## [Problem to use the Busco tool with odb12 for Eukaryotes lineage](https://community.france-bioinformatique.fr/t/problem-to-use-the-busco-tool-with-odb12-for-eukaryotes-lineage/6836)
**Author:** [@Silke\_Jensen](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Silke_Jensen)\ **Réponses:** 0\ **Dernière mise à jour :** [Mai 5, 2026, 7:46 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/problem-to-use-the-busco-tool-with-odb12-for-eukaryotes-lineage/6836 "2026-05-05T19:46:01Z")
Hi, I wanted to use the odb12 database for the Eukaryotes lineage for Busco analyses of my genome assemblies (tool Busco Assess genome assembly and annotation completeness(Galaxy Version 5.8.0+galaxy2)). I didn't manage… --- ## [Impossibilité de lancer Trinity et CD-hit](https://community.france-bioinformatique.fr/t/impossibilite-de-lancer-trinity-et-cd-hit/6820)
**Author:** [@morganeg](https://community.france-bioinformatique.fr/u/morganeg)\ **Réponses:** 0\ **Dernière mise à jour :** [Avril 13, 2026, 7:59 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/impossibilite-de-lancer-trinity-et-cd-hit/6820 "2026-04-13T07:59:21Z")
Bonjour, Suite à mon sujet créé il y a 14j à propos de Trinity, je n’arrive toujours pas à lancer Trinity ni l’outil CD-hit, qui tourne pendant plusieurs heures avant de devenir rouge avec comme message d’erreur “une er… --- ## [Demande d'augmentation de stockage 1T](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-daugmentation-de-stockage-1t/6806)
**Author:** [@Marie-f](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Marie-f)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Mars 31, 2026, 3:15 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-daugmentation-de-stockage-1t/6806 "2026-03-31T15:15:18Z")
Bonjour, Je viens juste de recevoir des données transcriptomiques et devant réaliser un assemblage de transcriptome, serait-il possible d’augmenter mon espace de stockage à 1Tera pour environ 6 mois s’il vous plaît ? Mo… --- ## [Trinity ne se lance pas](https://community.france-bioinformatique.fr/t/trinity-ne-se-lance-pas/6803)
**Author:** [@berger\_juliette](https://community.france-bioinformatique.fr/u/berger_juliette)\ **Réponses:** 0\ **Dernière mise à jour :** [Mars 30, 2026, 7:41 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/trinity-ne-se-lance-pas/6803 "2026-03-30T07:41:24Z")
Bonjour, Depuis la semaine dernière, je n’arrive pas a lancer Trinity, celui ci s’arrête tout de suite avec le message:“too much data, we cannot support such large trinity assemblies.”, et je ne souhaite pas utiliser Sp… --- ## [Impossible de lancer un trinity](https://community.france-bioinformatique.fr/t/impossible-de-lancer-un-trinity/6802)
**Author:** [@morganeg](https://community.france-bioinformatique.fr/u/morganeg)\ **Réponses:** 0\ **Dernière mise à jour :** [Mars 30, 2026, 7:31 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/impossible-de-lancer-un-trinity/6802 "2026-03-30T07:31:50Z")
Bonjour, depuis la semaine dernière j’essaie de lancer un trinity, mais à chaque fois j’obtiens un message d’erreur presque instantané “too much data, we cannot support such large trinity assemblies. please use RNAspades… --- ## [Erreur outil FASTTREE](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-outil-fasttree/6800)
**Author:** [@vloux](https://community.france-bioinformatique.fr/u/vloux)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Mars 26, 2026, 1:35 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-outil-fasttree/6800 "2026-03-26T13:35:41Z")
Bonjour, Une exécution de l’outil FASTTREE (Galaxy Version 2.1.10+galaxy1) a l’air de bloquer car un outil de conversion mfa/fasta utilisé automatiquement pour convertir le format de ficheier en entrée ne passe pas. (O… --- ## [Erreur ppanggolin: command not found](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-ppanggolin-command-not-found/6798)
**Author:** [@tlacroix](https://community.france-bioinformatique.fr/u/tlacroix)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Mars 17, 2026, 10:15 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-ppanggolin-command-not-found/6798 "2026-03-17T10:15:26Z")
Bonjour, Lorsque je lance PPanGGOLiN all sur https://usegalaxy.fr, j'ai l'erreur suivante : /shared/ifbstor1/galaxy/datasets2/jobs/007/550/7550093/tool\_script.sh: line 10: ppanggolin: command not found Est-ce possible… --- ## [FROGS 4.1 deprecated](https://community.france-bioinformatique.fr/t/frogs-4-1-deprecated/6799)
**Author:** [@geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/u/geraldinepascal)\ **Réponses:** 2\ **Dernière mise à jour :** [Mars 16, 2026, 9:42 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/frogs-4-1-deprecated/6799 "2026-03-16T09:42:01Z")
Hello, As you suggested, could you please change FROGS 4.1 to “FROGS 4.1 deprecated” in the tool panel? Thank you very much, Géraldine --- ## [Installation macs3 dans galaxy](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-macs3-dans-galaxy/6783)
**Author:** [@gvelasco](https://community.france-bioinformatique.fr/u/gvelasco)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Mars 10, 2026, 3:04 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-macs3-dans-galaxy/6783 "2026-03-10T15:04:47Z")
Bonjour, Serait-il possible d’installer macs3 dans les outils Galaxy ? j’ai vu qu’il était disponible dans Galaxy Tool Shed ( Galaxy | Tool Preview ) Merci par avance, --- ## [Augmentation de stockage](https://community.france-bioinformatique.fr/t/augmentation-de-stockage/6792)
**Author:** [@morganeg](https://community.france-bioinformatique.fr/u/morganeg)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Mars 9, 2026, 10:03 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/augmentation-de-stockage/6792 "2026-03-09T10:03:15Z")
Bonjour, Je vais d’ici peu recevoir des données et devoir réaliser un assemblage de transcriptome de novo, est-ce que cela serait possible d’augmenter mon espace de stockage à 1Tera pour environ 6 mois ? Mon nom d’utili… --- ## [Demande d'espace disque galaxy](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-despace-disque-galaxy/6781)
**Author:** [@ponger](https://community.france-bioinformatique.fr/u/ponger)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Mars 4, 2026, 2:15 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-despace-disque-galaxy/6781 "2026-03-04T14:15:00Z")
Bonjour, Je suis en train de mettre en place un TP de bioinfo (RNA-seq) sous Galaxy avec un volume global qui flirte avec les 2x100Go..Je dispose actuellement de 100Go, serait-il possible d’avoir plus d’espace (300Go se… [Page suivante](https://community.france-bioinformatique.fr/c/galaxy/8.md?page=1)