# Instance **URL:** https://community.france-bioinformatique.fr/c/workflow4metabolomics/intance/18.md [Récents](https://community.france-bioinformatique.fr/latest.md) · [Catégories](https://community.france-bioinformatique.fr/categories.md) · [Étiquettes](https://community.france-bioinformatique.fr/tags.md) --- ## [About the Intance category](https://community.france-bioinformatique.fr/t/about-the-intance-category/881)
**Author:** [@gildaslecorguille](https://community.france-bioinformatique.fr/u/gildaslecorguille)\ **Réponses:** 0
This category is dedicated to questions regarding issues related to the workflow4metabolomics.usegalaxy.fr instance itself: Galaxy tool version installation, job errors linked to the instance's ins and outs (e.g. missing… --- ## [Demande d'installation d'un nouvel outil "W4M concatenate"](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-dinstallation-dun-nouvel-outil-w4m-concatenate/5119)
**Author:** [@melpetera](https://community.france-bioinformatique.fr/u/melpetera)\ **Réponses:** 6\ **Dernière mise à jour :** [Juillet 17, 2024, 3:07 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-dinstallation-dun-nouvel-outil-w4m-concatenate/5119 "2024-07-17T15:07:27Z")
Bonjour, Un tout nouvel outil est disponible sur le toolshed pour concaténer des tables de metadata au format 3-tableaux de W4M : https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/workflow4metabolomics/w4mconcatenate/c577f13705f2 @… --- ## [Problème Galaxy](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-galaxy/3785)
**Author:** [@Lou](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Lou)\ **Réponses:** 4\ **Dernière mise à jour :** [Janvier 22, 2024, 2:12 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-galaxy/3785 "2024-01-22T14:12:55Z")
Bonjour, Ce matin, quelques soit le job lancé, j'obtiens cette erreur (cf image ci-dessous). Pouvez-vous m'aider à résoudre ce problème @team.galaxy ? Merci d'avance, Bonne journée --- ## [UseGalaxy down?](https://community.france-bioinformatique.fr/t/usegalaxy-down/3696)
**Author:** [@Celine\_DALLE](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Celine_DALLE)\ **Réponses:** 2\ **Dernière mise à jour :** [Décembre 7, 2023, 2:53 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/usegalaxy-down/3696 "2023-12-07T14:53:48Z")
Hello, since 30 minutes I can't open "workflow4metabolomics.usegalaxy.fr". Do you have a planned update today ? Thanks, Céline --- ## [Telechargement historique old galaxy](https://community.france-bioinformatique.fr/t/telechargement-historique-old-galaxy/718)
**Author:** [@Pierre-Edouard.Bodet](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Pierre-Edouard.Bodet)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Septembre 17, 2020, 11:53 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/telechargement-historique-old-galaxy/718 "2020-09-17T11:53:28Z")
Bonjour, Nous disposons de deux historiques dont les données et résultats ne sont pas encore publiés et nous souhaiterions les importer dans le nouveau galaxy. Nous avons réussi a tranformer et télécharger nos anciens h… --- ## [msPurity.filterFragSpectra Memory Issue](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mspurity-filterfragspectra-memory-issue/953)
**Author:** [@yguitton](https://community.france-bioinformatique.fr/u/yguitton)\ **Réponses:** 14\ **Dernière mise à jour :** [Décembre 17, 2021, 9:11 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mspurity-filterfragspectra-memory-issue/953 "2021-12-17T09:11:07Z")
Bonjour support, An issue occurs while running MSMS pipeline. At the msPurity.filterFragSpectra step I have the following error "This job was terminated because it used more memory than it was allocated. Please click … --- ## [Metabolights downloader issue](https://community.france-bioinformatique.fr/t/metabolights-downloader-issue/1481)
**Author:** [@yguitton](https://community.france-bioinformatique.fr/u/yguitton)\ **Réponses:** 0\ **Dernière mise à jour :** [Octobre 8, 2021, 9:42 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/metabolights-downloader-issue/1481 "2021-10-08T09:42:24Z")
Bonjour, Je voudrais télécharger dans W4M une partie des fichiers de l'étude MTBLS1509 archivée sur metabolights. L'outil Galaxy Metabolights downloader et les suivants ( ISA to W4M et ISA to mzML) devraient pouvoir m'… --- ## [msPurity.purityA need more memory](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mspurity-puritya-need-more-memory/1322)
**Author:** [@yguitton](https://community.france-bioinformatique.fr/u/yguitton)\ **Réponses:** 6\ **Dernière mise à jour :** [Août 13, 2021, 8:00 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mspurity-puritya-need-more-memory/1322 "2021-08-13T08:00:10Z")
Hi @gildaslecorguille , @Lain With msPurity.purityA, one user have reached the memory limit with 89 files, so would it be possible to apply the same trick as in msPurity.filterFragSpectra Memory Issue : for msPurity.pu… --- ## [Demande de plus d'espace disque sur W4M](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-de-plus-despace-disque-sur-w4m/920)
**Author:** [@Simphor\_Elodie](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Simphor_Elodie)\ **Réponses:** 15\ **Dernière mise à jour :** [Avril 29, 2021, 8:10 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-de-plus-despace-disque-sur-w4m/920 "2021-04-29T08:10:01Z")
Bonjour, Je souhaiterais analyser des données de métabolomique sur la plateforme W4M. Toutefois je n'ai pas assez d'espace de stockage pour analyser l'ensemble de mes fichiers. Je dispose actuellement de 10GB alors qu… --- ## [Problem while running an old version of tool in XCMS workflow](https://community.france-bioinformatique.fr/t/problem-while-running-an-old-version-of-tool-in-xcms-workflow/878)
**Author:** [@melpetera](https://community.france-bioinformatique.fr/u/melpetera)\ **Réponses:** 7\ **Dernière mise à jour :** [Mars 19, 2021, 2:00 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/problem-while-running-an-old-version-of-tool-in-xcms-workflow/878 "2021-03-19T14:00:38Z")
Hi there, As we say in French "Le cordonnier est souvent le plus mal chaussé", so here I am on 31st of December. While performing some final migration from old to new W4M instance, I ran into a problem with one of my jo… --- ## [Affichage HTML non activé pour Metabolights Downloader](https://community.france-bioinformatique.fr/t/affichage-html-non-active-pour-metabolights-downloader/858)
**Author:** [@pkrog](https://community.france-bioinformatique.fr/u/pkrog)\ **Réponses:** 8\ **Dernière mise à jour :** [Mars 9, 2021, 8:21 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/affichage-html-non-active-pour-metabolights-downloader/858 "2021-03-09T08:21:45Z")
J'ai des soucis avec le Metabolights Downloader sur la nouvelle instance. L'affichage HTML du fichier de sortie ne fonctionne pas. Il me semble qu'il faut autoriser Galaxy à afficher l'HTML outil par outil. Pourriez-vous… --- ## [Erreur Python lors de l'exécution de isatab2w4m](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-python-lors-de-lexecution-de-isatab2w4m/860)
**Author:** [@pkrog](https://community.france-bioinformatique.fr/u/pkrog)\ **Réponses:** 7\ **Dernière mise à jour :** [Mars 8, 2021, 10:29 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-python-lors-de-lexecution-de-isatab2w4m/860 "2021-03-08T10:29:56Z")
Error when running on MTBLS174: | Traceback (most recent call last): | File "/shared/mfs/data/galaxy/mutable-data/shed\_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/prog/isa2w4m/1883d5274962/isa2w4m/isa2w4m.py", line 8, in \ **Author:** [@yguitton](https://community.france-bioinformatique.fr/u/yguitton)\ **Réponses:** 5\ **Dernière mise à jour :** [Mars 8, 2021, 9:22 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/issue-msconvert-tool-configuration/876 "2021-03-08T09:22:47Z") Hi, I have tried to run a MS file conversion on workflow4metabolomics.usegalaxy.fr but it crashed. toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/galaxyp/msconvert/msconvert/3.0.20287.2 I think of a configuration issue on our instance … --- ## [This job was terminated because it ran longer than the maximum allowed job run time](https://community.france-bioinformatique.fr/t/this-job-was-terminated-because-it-ran-longer-than-the-maximum-allowed-job-run-time/979)
**Author:** [@fgiacomoni](https://community.france-bioinformatique.fr/u/fgiacomoni)\ **Réponses:** 4\ **Dernière mise à jour :** [Mars 2, 2021, 6:25 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/this-job-was-terminated-because-it-ran-longer-than-the-maximum-allowed-job-run-time/979 "2021-03-02T18:25:00Z")
One of our best W4M user met an issue concerning a large dataset (\>800 raw files) running with XCMS. After a certain (and long) time, the job returned a: This job was terminated because it ran longer than the maximum all… --- ## [Suggestions of tool installation](https://community.france-bioinformatique.fr/t/suggestions-of-tool-installation/897)
**Author:** [@melpetera](https://community.france-bioinformatique.fr/u/melpetera)\ **Réponses:** 11\ **Dernière mise à jour :** [Janvier 20, 2021, 11:19 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/suggestions-of-tool-installation/897 "2021-01-20T11:19:12Z")
This post is dedicated to suggestion of Galaxy tools' installation and request for specific Galaxy tool versions regarding the workflow4metabolomics usegalaxy sub-domain. A Galaxy tool seems to be missing? A version of … --- ## [Besoin d'augmentation du quota](https://community.france-bioinformatique.fr/t/besoin-daugmentation-du-quota/834)
**Author:** [@hikmatghosson](https://community.france-bioinformatique.fr/u/hikmatghosson)\ **Réponses:** 2\ **Dernière mise à jour :** [Janvier 6, 2021, 11:41 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/besoin-daugmentation-du-quota/834 "2021-01-06T11:41:16Z")
Bonjour, Serait-il possible d'avoir une augmentation du quota de mon espace-disque sur W4M ? J'aurai besoin d'environ 250 GB. Merci d'avance ! --- ## [CAMERA: Conda dependency seemingly installed but failed to build job environment](https://community.france-bioinformatique.fr/t/camera-conda-dependency-seemingly-installed-but-failed-to-build-job-environment/780)
**Author:** [@melpetera](https://community.france-bioinformatique.fr/u/melpetera)\ **Réponses:** 3\ **Dernière mise à jour :** [Novembre 6, 2020, 4:53 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/camera-conda-dependency-seemingly-installed-but-failed-to-build-job-environment/780 "2020-11-06T16:53:15Z")
Hi, While re-runing workflows from the old W4M instance in the new one, I encountered the "Conda dependency" problem when running CAMERA on an old version: This was originally with CAMERA 2.2.0. I also tried with 2.… --- ## [Problem in transfer from old to new instance](https://community.france-bioinformatique.fr/t/problem-in-transfer-from-old-to-new-instance/806)
**Author:** [@JFMartin](https://community.france-bioinformatique.fr/u/JFMartin)\ **Réponses:** 3\ **Dernière mise à jour :** [Octobre 30, 2020, 3:02 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/problem-in-transfer-from-old-to-new-instance/806 "2020-10-30T15:02:32Z")
I've got some problems when running a workflow that comes from an upload of a workflow coming from the old instance. As I delete all mzML and dataset list of findchrompeaks I try to start the xcms wrkflow at the 1st gro… --- ## [Xcms plot chromatogram](https://community.france-bioinformatique.fr/t/xcms-plot-chromatogram/727)
**Author:** [@bdieme](https://community.france-bioinformatique.fr/u/bdieme)\ **Réponses:** 3\ **Dernière mise à jour :** [Octobre 6, 2020, 2:14 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/xcms-plot-chromatogram/727 "2020-10-06T14:14:08Z")
Hello, I have a problem with "xcms plot chromatogram" and the class display of samples. The color label of the samples does not match to their class membership. Thank you for your help Binta --- ## [Suppression de compte en doublon](https://community.france-bioinformatique.fr/t/suppression-de-compte-en-doublon/729)
**Author:** [@mgraber](https://community.france-bioinformatique.fr/u/mgraber)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Septembre 24, 2020, 3:47 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/suppression-de-compte-en-doublon/729 "2020-09-24T15:47:05Z")
SVP pouvez-vous supprimer le compte marianne.graber@univ-lr.fr et ne garder que celui-ci : mgraber@univ-lr.fr. J'ai créé par erreur 2 comptes Merci --- ## [Can't import MetaboLights study raw data](https://community.france-bioinformatique.fr/t/cant-import-metabolights-study-raw-data/677)
**Author:** [@Eleni](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Eleni)\ **Réponses:** 6\ **Dernière mise à jour :** [Août 25, 2020, 9:39 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/cant-import-metabolights-study-raw-data/677 "2020-08-25T09:39:49Z")
Hi, When I tried to import the raw data of a public study (MTBLS1) from MetaboLights using the Aspera download, I got the error: no ascp in (/shared/mfs/data/galaxy/mutable-data/dependencies/conda/envs/\_isatools@0.10.3… --- ## [XCMS-trouble with xcmsfindchrompeakMerger](https://community.france-bioinformatique.fr/t/xcms-trouble-with-xcmsfindchrompeakmerger/577)
**Author:** [@fcastelli](https://community.france-bioinformatique.fr/u/fcastelli)\ **Réponses:** 11\ **Dernière mise à jour :** [Juillet 7, 2020, 7:31 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/xcms-trouble-with-xcmsfindchrompeakmerger/577 "2020-07-07T07:31:12Z")
Bonjour J’ai lancé 4 XCMS sur la nouvelle instance Galaxy 2 XCMS contenant moins de 100 echantillons sont passés super vite et sans souci Depuis vendredi, j’ai lancé 2 autres XCMS d’une cohorte de 383 echantillons et … --- ## [Incorrect display of Metabolights Study page](https://community.france-bioinformatique.fr/t/incorrect-display-of-metabolights-study-page/572)
**Author:** [@pkrog](https://community.france-bioinformatique.fr/u/pkrog)\ **Réponses:** 2\ **Dernière mise à jour :** [Juin 30, 2020, 1:02 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/incorrect-display-of-metabolights-study-page/572 "2020-06-30T13:02:36Z")
When downloading a Metabolights study the HTML is not displayed. Tested with the downloading of MTBLS174 and and clicking on the eye icon of the dataset.