Bonjour,
Apparamment il y a un petit bug dans alphafold.2.2.3 dans le parsing des arguments:
FATAL Flags parsing error: flag --use_gpu_relax=None: Flag --use_gpu_relax must have a value other than None.
Pass --helpshort or --helpfull to see help on flags.
srun: error: gpu-node-02: task 0: Exited with exit code 1
J'ai essayé de le résoudre en mettant le paramètre dans ma commande, mais l'erreur persiste.
J'ai trouvé une possible solution sur https://github.com/deepmind/alphafold/issues/395. Il faut changer un paramètre dans run_alphafold.py, version actuelle :
flags.DEFINE_boolean('use_gpu_relax', None, 'Whether to relax on GPU. ' 'Relax on GPU can be much faster than CPU, so it is ' 'recommended to enable if possible. GPUs must be available' ' if this setting is enabled.')
il faut changer:
flags.DEFINE_boolean('use_gpu_relax', None, ==> flags.DEFINE_boolean('use_gpu_relax', True,
Merci par avance,