Bonjour @FlorianReb
Vous trouverez les banques indexées pour mm10 ici : /shared/data/bank/mus_musculus/mm10
Dont :
/shared/data/bank/mus_musculus/mm10/fasta/shared/data/bank/mus_musculus/mm10/bowtie2
Normalement, en ciblant les fichiers fasta (.fa et .fa.fai) mis à disposition, bowtie2 devrait s'y retrouver.