# Analyse GOterms et génération de graphiques dans Trinity

**URL:** <https://community.france-bioinformatique.fr/t/analyse-goterms-et-generation-de-graphiques-dans-trinity/1899>\
**Category:** IFB Core Cluster\
**Tags:** conda\
**Created:** [Février 25, 2022, 1:29 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/analyse-goterms-et-generation-de-graphiques-dans-trinity/1899 "2022-02-25T13:29:50Z")\
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**Author:** ![Erwan\_Corre](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/erwan_corre/32/51_2.png) [@Erwan\_Corre](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Erwan_Corre)\
**Post date:** [Février 25, 2022, 1:29 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/analyse-goterms-et-generation-de-graphiques-dans-trinity/1899/1 "2022-02-25T13:29:50Z")

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Salut a tous, Dans la suite Trinity des outils compagnons permettent de réaliser des analyses différentielles de genes et d'enrichissements de termes GO . Pour realiser ces analyse d’enrichissement il semble nécessaire de décrire un script complémentaire (prep\_n\_run\_GOplot.pl) . Can’t exec “/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/trinity-2.13.2/opt/trinity-2.13.2/Analysis/DifferentialExpression/prep\_n\_run\_GOplot.pl”. la commande initiale est : ( analyze\_diff\_expr.pl --matrix ../salmon.isoform.TMM.EXPR.matrix --max\_DE\_genes\_per\_comparison 500 --examine\_GO\_enrichment --GO\_annots ../../05\_annotation/FN\_transcript\_GO.txt --gene\_lengths ../../05\_annotation/FN\_transcript\_lenght.txt --include\_GOplot). Vous serait il possible de l’ajouter sur le cluster ? Par avance grand merci. PS/ Je n'exclue pas qu'il puisse y avoir d'autres scripts a décrire par la suite ...)