API de Ensembl sur le cluster

Bonjour,

Serait-il possible de savoir si l'API de la base de données Ensembl est disponible sur le cluster et si oui, comment la charger ?

Merci beaucoup
Yves Clément

Bonjour @YvesClement ,

Pour quel langage ? Perl, Python ?

Bonjour,

C'est pour du Perl, désolé de ne pas avoir mentionné ce point.

Bonne fin de journée
Yves

Installation en cours

Hop

module load perl/5.26.2

Bonjour,

Merci pour l'installation.
Après avoir charché le module que vous avez indiqué, j'ai testé le premier bloc de code disponible sur le site d'Ensembl pour tester l'API (Compara API Tutorial) et ça me renvoie cette erreur :
Can't locate Bio/EnsEMBL/Registry.pm in @INC (you may need to install the Bio::EnsEMBL::Registry module) (@INC contains: /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/perl-5.26.2/lib/site_perl/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/perl-5.26.2/lib/site_perl/5.26.2 /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/perl-5.26.2/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/perl-5.26.2/lib/5.26.2 .) at Testing.pl line 3.
Apparemment, Perl n'arrive pas à trouver la librairie nécessaire pour se connecter. Que puis-je faire ?

Bien cordialement,
Yves Clément

Je pense qu'il faut rajouter un package ensembl-vep pour récupérer cette lib.

@YvesClement Tu peux retenter !