Quand je lance sinteractive je suis systématiquement envoyé vers le meme noeud (27), j'ai fait 7 tentatives successives. Or ce noeud est complètement occupé, tous les processeurs sont mobilisés par l'usager ysun qui lance une commande iqtree.
Le noeud 28 est également complètement mobilisé par sun pour iqtree.
Existe-t-il une façon de demander à sinteractive d'éviter les noeuds très occupés ?
Y a-t-il un manuel pour sinteractive ?
J'ai essayé sans succès
[jvanhelden@clust-slurm-client ~]$ sinteractive -h
[jvanhelden@clust-slurm-client ~]$ sinteractive --help
[jvanhelden@clust-slurm-client ~]$ man sinteractive
No manual entry for sinteractive
Merci
Jacques
Question complémentaire: y aurait-il moyen de régler sinteractive ou slurm pour que les petits usagers (normaux) soient envoyés vers un groupe de noeuds différents des gros usagers ? Pas forcément simlpe d'anticiper, je le reconnais, mais si on identifie un gros usager on pourrait lui réserver temporairement quelques noeuds et dire à slurm de diriger les prochains usagers ailleurs.
Merci
Jacques
sinteractive
est un script utilitaire propre à l'IFB qui permet de lancer une session SSH portée par un job SLURM.
sinteractive
dispose des mêmes options que sbatch
. Par défaut, sinteractive
est lancé avec une réservation d'un coeur et 2 Go de RAM, ainsi le noeud 27 répond à ce besoin.
Pour disposer de plus de ressources il faut l'indiquer en paramètre à sinteractive
, par exemple :
sinteractive --mem=10GB --cpus=10
Attention l'intérêt de sinteractive
est principalement l'utilisation d'outils graphiques (comme Scilab) par exemple sur le cluster. En effet, sinteractive
gère automatiquement la problématique du X-Forwarding.
Pour les autres usages, nous recommandons l'utilisation de srun
pour les commandes (cp, tar, snakemake, samtools, etc.) ou sbatch
pour les scripts.
Merci pour la réponse rapide.
En fait j'apprécie sinteractive car il me permet de travailler avec plusieurs onglets dans screen, par exemple
- un onglet pour éditer mon script avec emacs
- un onglet pour exécuter les commandes
- un onglet pour htop
- ...
Est-ce que c'est OK de travailler de cette façon ?