Avoir accès à "fat memory" pour des co-assemblages avec MetaSPADES

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
#1

Bonjour,

Je souhaiterais lancer deux co-assemblages de Metagenomes en utilisant l’outil MetaSPADES : https://github.com/ablab/spades#meta . Cela demande beaucoup de Ram et va prendre quelque temps (entre une semaine et un mois…). Pourrais-je, s’il vous plaît, avoir accès à bigmem et savoir comment avoir MetaSPADES sur le cluster ? Je ne le trouve pas dans les modules disponibles :confused:

Merci beaucoup pour votre aide,

Feriel

#2

Bonjour Feriel,

Désolée du retard de notre réponse.

La version 3.14.1 de spades (https://anaconda.org/bioconda/spades) est installée.
Est ce que cela conviendrait ?

Bonne journée
Nicole

#3

Bonjour,

Oui c'est parfait! Merci
Puis-je lancer mon assemblage ?

Bonne journée,
Feriel

#4

Bonjour Feriel

Oui vous avez acces à bigmem.
Dites nous quand vous n'aurez plus besoin de cet accès.

Bonne journée
Nicole

#5

J'ajoute que le cluster sera éteint le 23 Mars 2021. Il faut donc que vos calculs aboutissent avant cette date.

#6

Trés bien merci beaucoup :slightly_smiling_face:
Bonne journée,
Feriel