# Chargement des librairies dans RStudio

**URL:** <https://community.france-bioinformatique.fr/t/chargement-des-librairies-dans-rstudio/53>\
**Category:** IFB Core Cluster\
**Tags:** rstudio\
**Created:** [Février 25, 2019, 1:52 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/chargement-des-librairies-dans-rstudio/53 "2019-02-25T01:52:46Z")\
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**Author:** ![jvanhelden](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/jvanhelden/32/45_2.png) [@jvanhelden](https://community.france-bioinformatique.fr/u/jvanhelden)\
**Post date:** [Février 25, 2019, 1:52 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/chargement-des-librairies-dans-rstudio/53/1 "2019-02-25T01:52:46Z")

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J'ai ajouté ComplexHeatmap à l'environnement conda du\_bii\_m3\_stat\_r, il a apparemment été validé et on le trouve en ligne de commande

[jvanhelden@clust-slurm-client ~]$ conda list -n du\_bii\_m3\_stat\_r-2019|grep complex  
bioconductor-complexheatmap 1.20.0 r351\_0 bioconda

Idem pour le package vioplot (dont j'aurais besoin ce matin).

Par contre quand j'essaie de le charger sous RStudio je ne le trouve pas.

Je suppose que RStudio ne charge pas les packages du module 3 (ce qui est logique, il a une fonction générique).

Y a-t-il un endroit où on peut indiquer la liste des packages R à installer sous RStudio pour tous les utilisateurs ?

Merci

Jacques

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**Author:** ![gildaslecorguille](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/gildaslecorguille/32/6_2.png) [@gildaslecorguille](https://community.france-bioinformatique.fr/u/gildaslecorguille)\
**Post date:** [Février 25, 2019, 8:21 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/chargement-des-librairies-dans-rstudio/53/2 "2019-02-25T08:21:31Z")

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Les env conda et rstudio sont en effet décorrélé.

Pour ajouter un package dans rstudio, nous procédons aussi via ansible mais nous devons sortir ce mécanisme reste des playbooks d’admin du cluster pour le rendre participatif. C’est dans nos TODOs 🙂

Nous te tenons au courant dès que c’est fait pour t’inviter à participer.

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**Post date:** [Février 25, 2019, 4:35 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/chargement-des-librairies-dans-rstudio/53/3 "2019-02-25T16:35:11Z")

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complexheatmap et vioplot sont tous deux maintenant disponibles sur RStudio

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**Author:** ![gildaslecorguille](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/gildaslecorguille/32/6_2.png) [@gildaslecorguille](https://community.france-bioinformatique.fr/u/gildaslecorguille)\
**Post date:** [Février 26, 2019, 1:13 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/chargement-des-librairies-dans-rstudio/53/4 "2019-02-26T13:13:01Z")

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> [@gildaslecorguille](#):
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> Pour ajouter un package dans rstudio, nous procédons aussi via ansible mais nous devons sortir ce mécanisme reste des playbooks d’admin du cluster pour le rendre participatif. C’est dans nos TODOs 🙂
> 
> Nous te tenons au courant dès que c’est fait pour t’inviter à participer.

C'est fait @jvanhelden  
Nous avons maintenant un repo ouvert et dédié à l'installation de package sur RStudio : [https://gitlab.cluster.france-bioinformatique.fr/taskforce/rstudio-packages](https://gitlab.cluster.france-bioinformatique.fr/taskforce/rstudio-packages)