Bonjour,
Au final après reflexion ce week end je pense partir sur un array du genre #SBATCH --array 1-296%10
Et mettre un fichier avec par exemple deux colonnes, une colonne avec le chemin du read1 et une colonne avec le chemin du read2 et faire:
samplesheet=name_of_file_with_fastq_path.txt
r1=`sed -n "$SLURM_ARRAY_TASK_ID"p $samplesheet | awk '{print $1}'`
r2=`sed -n "$SLURM_ARRAY_TASK_ID"p $samplesheet | awk '{print $2}'`
bwa mem -t 10 ref.fa $r1 $r2 | samtools sort -@ 4 > .bam
De cette manière il sera très facile de relancer les éventuels jobs qui n'aurait pas marché
(Pour plus de clarté je n'ai pas mis le code entier avec les read groups et autres options).