Quand on a fini le mapping sur le cluster, on aimerait visualiser les lectures (ou les couvertures génomiques/densités de lectures) à distance sans devoir rapatrier les bam sur son propre ordi.
Quelles solutions peut-on utiliser ?
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Monter son espace-projet en sshfs et ensuite ouvrir le fichier avec un IGV qui tourne sur la machine locale. Avantage: on st sur son propre outil mais désavantage: pour chaque fenêtre qu'on regarde IGV doit transférer les données correspondante du bam depuis le cluster vers l'ordi local. Heureusement l'indexation permet à IGV de ne transférer que les données utiles à la visualisation en cours mais parfois c'est un peu lourd.
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Lancer une instance d'IGV sur le cluster avec ssh -Y (par exemple).
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Se connecter au cluster avec un client contrôle de bureau à distance (par exemple x2go) et lancer IGV.
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Sans doute un tas d'autres possibilités.
Notes:
- Je pose la question aujourd'hui pour IGV mais elle s'applique de façon générale à toutes les applications qui reposent sur une interface graphique. Par exemple pour Cytoscape.
- Toutes les commandes ci-dessus devraient tourner sur slurm