Conda: impossible de créer un nouvel environnement

IFB Core Cluster
#1

Bonjour,

J'essaye de me créer un nouvel environnement conda pour utiliser la dernière version de gatk sauf que j'obtiens une erreur (alors que je n'ai rien changé et que ca fonctionnait avant), une idée ? Merci par avance

commande utilisé :
conda create --name gatk_4.2.3.0

erreur :

Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

UnavailableInvalidChannel: The channel is not accessible or is invalid.
channel name: bioconda
channel url: https://conda.anaconda.org/bioconda
error code: 404

You will need to adjust your conda configuration to proceed.
Use conda config --show channels to view your configuration's current state,
and use conda config --show-sources to view config file locations.

Le résultat de la commande conda config --show channels :
channels:

  • bioconda
  • conda-forge
  • r
  • defaults

Le résultat de la commande conda config --show-sources :
==> /shared/ifbstor1/software/miniconda/.condarc <==
channel_priority: strict
channels:

  • conda-forge
  • bioconda
  • defaults

==> /shared/home/quentin67100/.condarc <==
envs_dirs:

  • /shared/projects/gentaumix/conda/envs
    pkgs_dirs:
  • /shared/projects/gentaumix/conda/pkgs
    channels:
  • bioconda
  • conda-forge
  • r
  • defaults
    default_channels:
  • main
  • Anaconda free channel
#2

Bonjour @Quentin_Chartreux,

Installation propre

L'ordre des channels à privilégier sont :

  • conda-forge
  • bioconda
  • defaults

Peux-tu nous envoyer le retour de conda info ?

Participer au répertoire tools ( ma préférence :heart: )

Comme tu le sais peut-être, nous déployons tous les outils disponibles sur le cluster via un répertoire gitlab ifb-elixirfr/cluster/tools.

Nous avons une procédure sur la page d'accueil mais seront aussi ravie de te guider.

Hormis le fait de proposer l'outil en question à une plus large communauté, vu qu'il sera accessible de tous, tu rentreras dans la légende :medal_military:

#3

Je reproduis le souci avec mon compte, et pourtant mes channels sont bien configuré.

En attendant qu'on regarde pourquoi ca marche pas/plus, vous pouvez utilisez mamba

mamba create --name gatk_4.2.3.0-test
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#4

Merci, mais au final le problème reste le même car du coup je peux créer l'environnement mais pas installer gatk4 dedans.

#5

Pour répondre sur la deuxième partie je veux bien être un peu guidé car je n'ai jamais utilisé gitlab.
Si j'ai bien compris il faut créer les fichiers meta.yml et env.yml mais ensuite?
J'ai utilisé le script add_conda_tool.sh qui m'a bien générer les deux fichiers. Il faut les mettre où et comment?

#6

Je viens de tester et ca à l'air de fonctionner avec mamba:

mamba create --name gatk_4.2.3.0
conda activate gatk_4.2.3.0
mamba install gatk4

 gatk --version
Using GATK jar /shared/ifbstor1/home/fgerbes/.conda/envs/gatk_4.2.3.0/share/gatk4-4.2.3.0-0/gatk-package-4.2.3.0-local.jar
Running:
    java -Dsamjdk.use_async_io_read_samtools=false -Dsamjdk.use_async_io_write_samtools=true -Dsamjdk.use_async_io_write_tribble=false -Dsamjdk.compression_level=2 -jar /shared/ifbstor1/home/fgerbes/.conda/envs/gatk_4.2.3.0/share/gatk4-4.2.3.0-0/gatk-package-4.2.3.0-local.jar --version
The Genome Analysis Toolkit (GATK) v4.2.3.0
HTSJDK Version: 2.24.1
Picard Version: 2.25.4

A priori mamba peux remplacer toutes les commandes conda, sauf le "conda activate"

Il y'a un tuto ici:

Si quelque chose n'est pas clair, ou ne fonctionne pas merci de le signaler pour qu'on puisse le mettre à jour :wink:

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#7

Je viens de tester et ca fonctionne aussi avec conda, a mon avis c'etait un souci sur le depot bioconda comme le sous entend le premier message d'erreur : 404 sur le channel url

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#8

En effet j'avais utilisé conda install c'est pour ca que ca ne fonctionnait pas, avec mamba c'est tout bon.

Normalement c'est bon je viens de le faire pour gatk4.2.3.0

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#9

Merci, c'est en cours d'install un peu partout en france sur les cluster de l'IFB :wink:

#10

Hop

module load gatk4/4.2.3.0

Félicitation :tada: @Quentin_Chartreux, la dernière version de gatk est maintenant disponibles sur l'IFB Core Cluster et sur 6 autres infrastructures de calcul de plateforme IFB.

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