J'essaye de me créer un nouvel environnement conda pour utiliser la dernière version de gatk sauf que j'obtiens une erreur (alors que je n'ai rien changé et que ca fonctionnait avant), une idée ? Merci par avance
commande utilisé :
conda create --name gatk_4.2.3.0
UnavailableInvalidChannel: The channel is not accessible or is invalid.
channel name: bioconda
channel url: https://conda.anaconda.org/bioconda
error code: 404
You will need to adjust your conda configuration to proceed.
Use conda config --show channels to view your configuration's current state,
and use conda config --show-sources to view config file locations.
Le résultat de la commande conda config --show channels :
channels:
bioconda
conda-forge
r
defaults
Le résultat de la commande conda config --show-sources :
==> /shared/ifbstor1/software/miniconda/.condarc <==
channel_priority: strict
channels:
Pour répondre sur la deuxième partie je veux bien être un peu guidé car je n'ai jamais utilisé gitlab.
Si j'ai bien compris il faut créer les fichiers meta.yml et env.yml mais ensuite?
J'ai utilisé le script add_conda_tool.sh qui m'a bien générer les deux fichiers. Il faut les mettre où et comment?
Je viens de tester et ca fonctionne aussi avec conda, a mon avis c'etait un souci sur le depot bioconda comme le sous entend le premier message d'erreur : 404 sur le channel url
Félicitation @Quentin_Chartreux, la dernière version de gatk est maintenant disponibles sur l'IFB Core Cluster et sur 6 autres infrastructures de calcul de plateforme IFB.