Connexion à Rstudio

Bonjour,
Depuis hier après midi je n'arrive pas à acceder à Rstudio (https://rstudio.cluster.france-bioinformatique.fr/).
Soit il ne se passe rien, soit un message d'erreur apparait.

image

Savez vous à quoi cela est dû?
Bonne journée

Pierre

Bonjour Pierre,

Je ne vois pas d'anomalie de mon côté (pas de saturation de quota, ou autre).
Juste des erreurs pour votre session:

ERROR The previous R session terminated abnormally; LOGGED FROM: rstudio::core::Error {anonymous}::rInit(const rstudio::r::session::RInitInfo&) 

Pouvez-vous essayer de supprimer/déplacer votre dossier .rstudio (mv ~/.rstudio ~/.rstudio-backup-2022-07-27) et vous connecter de nouveau ?

Bonjour David,

Merci pour votre réponse.
J'ai déplacé le dossier mais cela ne résout pas le problème.
(j'utilise Chrome et j'ai le même problème avec Edge)

Essayer à nouveau en supprimant le dossier .rstudio et supprimant/renommant le dossier R également.
Il faudra peut-être réinstaller vos packages.

rm -rf ~/.rstudio
mv ~/R ~/R.bakup-2022-07-27

Pensez-aussi à tester avec un autre navigateur et/ou en vidant le cache avant chaque nouvel essai

J'ai supprimé le dossier puis effacé les données de navigation du navigateur mais le problème persiste.
Il se passe la même chose avec Chrome et Edge sur mon ordinateur et Chrome sur mon portable.

Avez-vous bien effacé/déplacé le dossier ~/R (je ne vois pas de modification) ?

Oups désolé je n'avais pas supprimé ce dossier.
Cette fois j'ai bien supprimé ~/R et ~/.rstudio et cela ne change rien au problème...

Malheureusement, je sèche un peu...
Est-ce que vous pouvez essayer de lancer RStudio via JupyterHub ?
D'ailleurs je vois que vous avez une session Jupyter en cours, cette session n'ouvre pas une session R ou RStudio ?

Je peux lancer Rstudio depuis JupyterHub.
Normalement je n'avais pas de session R en cours

Du coup, si cela vous va, pouvez-vous utiliser RStudio via JupyterHub (je en vois pas d'anomalie sur le serveur RStudio et suis donc en peine pour dépanner...) ?

Ok je vais faire ça.

Merci pour votre aide!

Bonne fin de journée

Pierre

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Bonjour,

Depuis les messages précédents en juillet j'utilise Rstudio via le JupyterHub mais celui ci ne fonctionne plus non plus depuis quelques jours.
L'écran reste gris clair après que l'icone de chargement ait disparu.

Merci pour votre aide

Pierre

Bonjour,

Cela fonctionne de notre côté (je suppose donc un problème avec votre session R).

Pouvez-vous tuer votre job Jupyter actuel en vous connectant sur le cluster:

# Se connecter
$ ssh core.cluster.france-bioinformatique.fr 

# Visualiser votre job
$ squeue -u pgrognet
             JOBID PARTITION     NAME     USER ST       TIME  NODES NODELIST(REASON)
          26931883      fast  jupyter pgrognet  R    2:48:39      1 cpu-node-82

# l'annuler
$ scancel 26931883

Ensuite supprimer/déplacer votre~/.rstudio

Et réessayer de lancer à nouveau Jupyter ?

Merci pour votre réponse rapide.

J'ai déjà essayé ça sans succès. Je viens de reessayer et ça ne fonctionne toujours pas...

Je ne vois toujours pas d'anomalie côté serveur (je penche toujours pour un problème sur votre session/environnement).

Si je regarde les log (dans votre home ~/.jupyter_*.log), je vois des anomalies (oom-kill) et des erreurs avec "mathjax" (mathjax/MathJax.js?config=TeX-MML-AM_CHTML). Mais je ne sais pas si c'est lié.

Pouvez-vous essayer de supprimer/déplacer ces dossier:

~/.local/share/jupyter/
~/.local/share/rstudio/

Et réessayer ?

Bonjour,

ça marche!
J'ai supprimé les deux répertoires et RStudio fonctionne à nouveau (via le JupyterHub et RStudio server)

Merci pour votre aide et bonne journée

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