Je viens poser une question un peu bête, mais qui me bloque sur mon script, qui ne devrait pas être trop compliqué pour beaucoup. Mais je suis encore très novice dans l'utilisation du cluster (étudiante en Master), et il y a très sûrement quelque chose que je fais mal.
Je programme en bash, pour l'utilisation d'outils tels que les bedtools et samtools.
Pour mon programme, j'ai la nécessité d'utiliser un certain nombre de variable, y compris des variables de chemin, et là se trouve mon problème, lors de ma déclaration de variable
PROJECT_PATH = "/shared/projects/........." et cela sur toutes mes variables. (variables appelée dans plusieurs fonction à la suite. Elles ressortent toutes comme commande introuvable.
Je me permet donc de revenir vers la communauté afin d'avoir quelques conseils de votre part.
J'utilise comme path "/shared/mfs/data/projects/". Et je n'ai pas rencontré de soucis de ton type à présent. Peut être que ceci te débloquera. Pour ce qui est de l'explication, je ne sais pas qu'elle différence il y entre ces deux chemins qui mène au projet. Mais si quelqu'un sait suis preneuse de dormir moins bête.
J'espère que ça te débloquera,
Bonne journée,
A + dans le
Pour bien comprendre le problème, l'idéal serait d'avoir le script en question.
Quelques pistes de réflexions:
Il faut faire attention a ne pas écraser PATH sous peine d'avoir "commande introuvable" pour toutes les commandes (si nécessaire, il faut ajouter le chemin par exemple: export PATH=/shared/projects/dir:$PATH)
Il faut faire attention à la portée des variables (un variable déclarée dans une fonction n'existe pas forcément dans une autre fonction).
Désolé si cela vous paraît évident mais si possible il nous faudrait le script pour aller plus loin.
Comme je dis, je suis encore novice, donc il peut aussi y avoir des soucis avec mon script. Avec le confinement, encore plus compliqué pour être encadrée durant mon stage de Master. Merci du temps que vous prenez. Et désolée du dérangement