J'ai à nouveau le problème d'accès au disque depuis le terminal de RStudio.
Ca m'a l'air plus subtil: je peux accéder au disque, créer des dossiers, des fichiers , mais quand je fais git clone il crée le dossier et ensuite s'arrête.
De plus, une fois que le dossier a été créé si je lance rm -rf cisreg-GWASle dossier reste sur place.
Encore plus fort: j'alterne entre terminal ouvert par ssh à core-cluster, et terminal ouvert sous RStudio.
- je peux faire le git clone à partir de ma session ssh
[jvanhelden@clust-slurm-client ~]$ git clone https://github.com/YvonFrid/cisreg-GWAS.git
Cloning into 'cisreg-GWAS'...
remote: Enumerating objects: 723, done.
remote: Counting objects: 100% (723/723), done.
remote: Compressing objects: 100% (391/391), done.
remote: Total 723 (delta 372), reused 642 (delta 296), pack-reused 0
Receiving objects: 100% (723/723), 1.82 MiB | 3.49 MiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (372/372), done.
Checking out files: 100% (84/84), done.
Ensuite je passe au terminal RStudio: je peux effacer les fichiers, mais les dossiers et tous-dossiers restent là.
[jvanhelden@rstudio ~]$ ls -lt cisreg-GWAS
total 6
drwxr-xr-x 3 jvanhelden jvanhelden 5300 Jul 31 00:00 cisreg-GWAS_wf
[jvanhelden@rstudio ~]$ ls -ltr cisreg-GWAS
total 1958
-rw-rw-r-- 1 jvanhelden jvanhelden 3056 Jul 31 00:02 README.md
-rw-rw-r-- 1 jvanhelden jvanhelden 27 Jul 31 00:02 _config.yml
-rw-rw-r-- 1 jvanhelden jvanhelden 228 Jul 31 00:02 cisreg-GWAS.Rproj
drwxrwxr-x 6 jvanhelden jvanhelden 2000683 Jul 31 00:03 cisreg-GWAS_wf
[jvanhelden@rstudio ~]$
[jvanhelden@rstudio ~]$ rm -rf cisreg-GWAS
rm: cannot remove ‘cisreg-GWAS/cisreg-GWAS_wf’: Directory not empty
[jvanhelden@rstudio ~]$ ls -ltr cisreg-GWAS
total 19
drwxrwxr-x 3 jvanhelden jvanhelden 18800 Jul 31 00:03 cisreg-GWAS_wf
Je repasse au terminal ssh et je supprime le dossier. Tout a l'air de bien se passer.
[jvanhelden@clust-slurm-client ~]$ ls -ltr cisreg-GWAS
total 79
drwxrwxr-x 3 jvanhelden jvanhelden 80200 Jul 31 00:03 cisreg-GWAS_wf
[jvanhelden@clust-slurm-client ~]$ rm -rf cisreg-GWAS
[jvanhelden@clust-slurm-client ~]$ ls -ltr cisreg-GWAS
ls: cannot access cisreg-GWAS: No such file or directory
Le bouquet: je reviens au terminal RStudio , et je demande simplement de lister les fichiers du dossier que je viens de supprimer au terminal ssh.
[jvanhelden@rstudio ~]$ ls -ltr cisreg-GWAS
total 15
drwxr-xr-x 3 jvanhelden jvanhelden 14900 Jul 31 00:06 cisreg-GWAS_wf
Le dossier vide et son sous-dossier sont toujours là.
Encore plus fort: le simple fait de les invoquer sur le terminal RStudio les a aussi ressuscités sur le terminal ssh.
[jvanhelden@clust-slurm-client ~]$ ls -ltr cisreg-GWAS
total 978
drwxr-xr-x 3 jvanhelden jvanhelden 1000504 Jul 31 00:06 cisreg-GWAS_wf
C'est de la magie !