# Création noyau Python DUBii dans le Jupyter Lab

**URL:** <https://community.france-bioinformatique.fr/t/creation-noyau-python-dubii-dans-le-jupyter-lab/1009>\
**Category:** IFB Core Cluster\
**Tags:** jupyter\
**Created:** [Février 22, 2021, 1:04 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/creation-noyau-python-dubii-dans-le-jupyter-lab/1009 "2021-02-22T13:04:30Z")\
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**Post date:** [Février 22, 2021, 1:04 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/creation-noyau-python-dubii-dans-le-jupyter-lab/1009/1 "2021-02-22T13:04:31Z")

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Bonjour,

Pourriez-vous s'il vous plait créer un noyau Python dans le Jupyter Hub pour l'édition 2021 du DUBii ? Je souhaiterais que ce noyau soit disponible pour tous les utilisateurs.

L'environnement conda contenant toutes les dépendances est disponible ici :

> <https://github.com/DU-Bii/module-2-Python/blob/master/binder/environment.yml>

Pourriez-vous également activer les extensions listées dans ce fichier (en plus des extensions existantes) :

> <https://github.com/DU-Bii/module-2-Python/blob/master/binder/postBuild>

Enfin, pourriez-vous nommer ce noyau "DUBii Python" ?

D'avance merci pour votre aide.

Pierre

PS : j'ai testé avec succès la création de ce noyau sur mon compte, hormis l'activation des extensions qui n'est pas possibles car le Jupyter Lab utilisé est celui du Hub et non pas celui de l'environnement.

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**Post date:** [Février 22, 2021, 2:38 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/creation-noyau-python-dubii-dans-le-jupyter-lab/1009/2 "2021-02-22T14:38:42Z")

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[@team.software](https://community.france-bioinformatique.fr/groups/team.software) est-ce qu'on ne pourrait pas enrichir l'env Python de base du cluster avec les lib proposées par Pierre. Ca me semble être assez standard en python scientifique et ça éviter de multiplier les noyaux spécifiques proposés sur JupyterHub

Julien

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**Post date:** [Février 22, 2021, 3:14 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/creation-noyau-python-dubii-dans-le-jupyter-lab/1009/3 "2021-02-22T15:14:35Z")

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Ce serait effectivement super.

Toutes les bibliothèques de cet env sont assez classiques ou orientées bioinfo.

Si vous avez besoin de tester que les bibliothèques soient bien installées et les extensions bien activées, voici un notebook de recette :

> <https://github.com/DU-Bii/module-2-Python/blob/master/notebooks/test_modules.ipynb>

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**Post date:** [Février 22, 2021, 4:52 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/creation-noyau-python-dubii-dans-le-jupyter-lab/1009/4 "2021-02-22T16:52:54Z")

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Cela me paraît aussi jouable !

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**Post date:** [Février 22, 2021, 5:08 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/creation-noyau-python-dubii-dans-le-jupyter-lab/1009/5 "2021-02-22T17:08:30Z")

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En cours ici pour la partie Python : [https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools/-/merge\_requests/423](https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools/-/merge_requests/423)

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**Post date:** [Février 22, 2021, 5:18 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/creation-noyau-python-dubii-dans-le-jupyter-lab/1009/6 "2021-02-22T17:18:23Z")

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Merci. Par contre, il manque quelques packages dans le merge request. C'est normal ?

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Ah oui lesquels ?

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Ah oui ok, c'était tronqué sur discourse, je vais compléter

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Merci 😉  
N'oublie pas l'activation des extensions.

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**Post date:** [Février 23, 2021, 8:59 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/creation-noyau-python-dubii-dans-le-jupyter-lab/1009/10 "2021-02-23T08:59:08Z")

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Bonjour,

L'environnement Python 3.7 a été mis à jour pour intégrer les librairies scientifiques demandées.  
Nous avons également ajouter les extensions JupyterLab sur le hub.

Bonne journée,

Julien

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**Post date:** [Février 23, 2021, 9:18 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/creation-noyau-python-dubii-dans-le-jupyter-lab/1009/11 "2021-02-23T09:18:40Z")

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Salut Julien.

Merci beaucoup. Le notebook de test passe sans problème.