Bonjour,
J'aimerais avoir accès à la partition bigmen pour le groupe "feob_iron_oxidizing_bacteria_".
J'ai besoin de mémoire pour faire des co assemblage assez conséquents.
Cordialement,
Bonjour,
Vos jobs semblent tourner correctement avec 250Go de mémoire (limite mémoire d'un nœud standard).
Avez-vous déjà buté sur cette limite ?
J'en profite pour vous signaler de faire attention au nombre de CPU demandé.
Si vous ne préciser pas le nombre de CPU via --cpus-per-task (cf. SLURM user guide - IFB Core Cluster Documentation), par défaut vous aurez 1 seul CPU.
Et bien-sûr il faut faire correspondre le nombre de CPU demandé au nombre de thread demandé.
Par exemple avec l'option -t 20 de megahit, il faut préciser à Slurm --cpus-per-task=20 (à défaut c'est complètement contre-productif).
Merci pour cette précision très importante.
Je veux également pouvoir utiliser autant de mémoire ( 250 ou plus) avec la partition long mais ça ne marche pas, en tout cas le job n'est pas lancé car le job apparait dans nodelist "ressources". C'est pour cela que je demandais l'accès à bigmem.
Avec 250Go, le job reste en attente le temps qu'un serveur soit entièrement disponible (puisqu'on utilise alors toute la mémoire du serveur) mais même s'il faut patienter un peu, cela fonctionne.
Dites-nous si cela s'avère insuffisant