Bonjour,
J'ai téléchargé des bases de données au format .txt pour le logiciel annovar en version hg19 dans mon homedir (aguille/human_genome_hg19/annot/annovar_0823/humandb) (~90Gb). Et-il envisageable de mettre ces données dans le dossier partagé bank ?. Ça me permettrait par la même occasion de libérer de l'espace dans mon homedir qui commence à saturer.
En vous remerciant.
Bonjour @Arnaud_GUILLE,
Nous avons eu une discussion lors de l'école EBAI2019 (ping @team.dnaseq) à propos d'Annovar.
Annovar expose une licence trop restrictive pour être installé et partagé sur un cluster.
Ainsi, Annovar a été substitué par SnpEff.
Est-ce que cela peut-être une solution pour vous ?
Je suis près à indexer hg19 pour SnpEff.
La @team.dnaseq pourra confirmer ou infimer.
Merci pour votre réponse mais le passage de Annovar vers SnpEff demanderait trop de modifications sur le pipeline complet, aussi je vais continuer avec ce dernier.
Par curiosité, comment avez-vous installé Annovar sur le Cluster ?
j'ai crée ma propre channel conda dans mon homedir pour des logiciels que j'utilise et qui ne sont pas dans les dépôts conda-forge ou bioconda comme Annovar par exemple.
Après il s'agit simplement de fichier perl.
C'est noté. Pas de soucis à l'usage d'Annovar en votre propre nom sur nos ressources, cet usage est autorisé par la licence.
Une dernier remarque, il serait quand même préférable de :
L'espace home a en effet un très petit quota et vous serez rapidement saturé.
Cordialement
Merci pour vos suggestions.
J'ai déplacé la banque de données Annovar vers mon espace projet.
Mes environnements conda sont bien dans mon espace projet, c'est juste ma channel conda perso qui est dans mon homedir, ça fait au plus 50 Mb.
Salut,
Les deux outils font le même travail, tout comme VEP, mais les sorties sont assez différentes et c'est vrai que si tout un travail a déjà était fait avec annovar, passer à SnpEff peut être laborieux.
Elodie