Demande d'accès - Logiciel RGI

RAS, j'ai trouvé une solution. Désolée du dérangement !!

Bonjour :slight_smile:

J'ai de nombreux problèmes à installer la DB CARD pour utiliser le logiciel RGI sur le core cluster... (cf : le sujet que j'ai créé en Décembre 2022 pour l'installation de RGI)
Cependant, j'ai appris l'existence de la plateforme ABRomics qui est en partie dirigée par l'IFB. Le logiciel y serait déjà potentiellement installé et fonctionnel. Pensez-vous qu'il serait possible d'y avoir l'accès, juste le temps de lancer mes analyses ? Cela m'aiderait grandement dans mes recherches !

En vous remerciant par avance de votre réponse,
Aurélie

Bonjour,

Pouvez-vous partager votre solution ?

Bien à vous,

Julien

J'ai tenté d'utiliser RGI en installant son docker :
singularity pull docker://quay.io/biocontainers/rgi:6.0.0--pyha8f3691_0

Malheureusement il semblerait que, malgré que RGI fonctionne, il y ait toujours un soucis pour installer sa DB (que cela soit fait manuellement ou automatiquement, voir : GitHub - arpcard/rgi: Resistance Gene Identifier (RGI). Software to predict resistomes from protein or nucleotide data, including metagenomics data, based on homology and SNP models. ) ... Le logiciel tenterait à chaque fois de modifier des fichiers dont il n'a pas l'accès et qu'il ne devrait pas essayer de modifier.
Finalement je vais devoir réitérer ma demande pour la plateforme ABRomics... Si cela est possible, bien évidemment... :sweat_smile:

Extrait de la sortie de singularity run rgi_6.0.0--pyha8f3691_0.sif rgi auto_load :


=================================== LOAD DATABASES ===================================
WARNING 2023-01-30 10:34:12,329 : failed to copy json file: [Errno 30] Read-only file system: '/usr/local/lib/python3.8/site-packages/app/_data/card.json'
WARNING 2023-01-30 10:34:12,647 : failed to copy json file: [Errno 30] Read-only file system: '/usr/local/lib/python3.8/site-packages/app/_data/card_reference.fasta'
WARNING 2023-01-30 10:34:12,648 : failed to copy json file: [Errno 30] Read-only file system: '/usr/local/lib/python3.8/site-packages/app/_data/card_reference_all.fasta'
WARNING 2023-01-30 10:34:12,649 : failed to copy json file: [Errno 30] Read-only file system: '/usr/local/lib/python3.8/site-packages/app/_data/index-for-model-sequences.txt'
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/bin/rgi", line 4, in <module>
    MainBase()
  File "/usr/local/lib/python3.8/site-packages/app/MainBase.py", line 83, in __init__
    getattr(self, args.command)()
  File "/usr/local/lib/python3.8/site-packages/app/MainBase.py", line 154, in load
    self.load_run(args)
  File "/usr/local/lib/python3.8/site-packages/app/MainBase.py", line 161, in load_run
    app.load.main(args)
  File "/usr/local/lib/python3.8/site-packages/app/load.py", line 150, in main
    load_reference_card_and_wildcard(args.local_database, card_annotation , args.wildcard_annotation,"card_wildcard_reference.fasta")
  File "/usr/local/lib/python3.8/site-packages/app/load.py", line 251, in load_reference_card_and_wildcard
    with open(os.path.join(db, filename), 'w') as fout, fileinput.input(filenames) as fin:
OSError: [Errno 30] Read-only file system: '/usr/local/lib/python3.8/site-packages/app/_data/card_wildcard_reference.fasta'
=================================== CHECK LOADED DATABASES ===================================
card_canonical: N/A | card_canonical_model_type_used: N/A | card_variants: N/A | card_variants_model_type_used: N/A | kmer_sizes: N/A
=================================== DONE ===================================