Demande de mémoire supplémentaire

Bonjour,

Est-il possible d'avoir plus de mémoire que 250GB pour le projet cytof?
Mes jobs ne plantent pas et s'arrêtent proprement, mais j'ai les warning suivant:

Here's the error message:
cannot allocate vector of size 335.3 Gb

Merci d'avance pour votre aide

Bonjour Alexandra,

C'est possible en vous donnant accès à la machine/partition dite bigmem mais dans notre cas je soupçonne un autre problème.
En effet, vous demandez bien 250Go de mémoire mais vos jobs n'utilisent que quelques Mo ou Go.
Pour voir la consommation mémoire, vous pouvez vous reporter à la commande sacct et la colonne maxRSS.

# Exemple pour tous vos jobs depuis le 2022-05-01
sacct -S 2022-05-01 --format=JobID,JobName,Account,Partition,Submit,ReqCPUS,ReqMem,NTasks,AllocCPUS,Start,NodeList,CPUTime,MaxRSS,Elapsed,State -u $USER

ou la commande seff <jobid> pour avoir des infos lisibles sur un job en particulier:

# Exemple avec le jobid 22555236_105
seff 22555236_105

Peut-être un paramètre ou une variable d'environnement à adapter ?
Par exemple: How to solve an error (message: 'cannot allocate vector of size --- GB/MB') in R?