Bonjour,
Je cherche à réalisé une TWAS (TWAS / FUSION). Cette analyse nécessite l'installation le package plink2R.
Serait-il possible de l'installer sur R/3.6.3 ?
Ce package n'est plus maintenu mais il est possible de l'installer sur cette version de R avec la commande : devtools::install_github("carbocation/plink2R/plink2R", ref="carbocation-permit-r361")
Bonjour,
Désolé, mais on n'installe plus de package sur cette version de R.
Cependant vous pouvez facilement l'installer sur votre compte en vous connectant en ssh sur le cluster:
module load r/3.6.3
R
Et ensuite dans la console R:
devtools::install_github("carbocation/plink2R/plink2R", ref="carbocation-permit-r361")
C'est possible que ca ne marche pas du premier coup, dans ce cas, une astuce qui marche souvent c'est de d'abord installer un package du CRAN, comme par exemple rlang. Ceci permet a R de bien definir (ou redefinir les chemins d'installation).
Par exemple, lancer la commande suivante:
install.packages('rlang')
Et repondre yes a toutes les questions.
Puis relancer la commande install_github de plink2R.
Je viens de tester tout ca sur mon compte et ca a l'air de fonctionner