Demande de stockage pour analyses sur Galaxy

Galaxy
#1

Bonjour,

Je viens de ouvrir une compte rrondon@inach.cl pour faire des analyses transcriptomiques avec un nombre important de bibliothèques paired-end (64) autour 2Gb chaqu'une en format FastQ.Gz, dans le cadre d'un projet scientifique. Pour cette raison je voudrais savoir s'il serait possible de augmenter la capacité de stockage de 100gb à 500gb ? pour pouvoir charger tous les bibliothèques et faire les différents analyses sans problèmes. Je vous remercie pour votre aide.

Très cordialement,

Rodolfo Rondon

#2

Bonjour:

Je me permets de relancer la question si serait-il possible augmenter la quota de ma compte sur Galaxy? Jai ouvert une compte avec vous pour recommandation de la platforme Galaxy de la Station Biologique de Roscoff (ABIMS) que jutilisais jusquau present. Je compte faire des analyses RNAseq avec une quantité important de bibliothèques (elles sont déjà chargés dans ma compte Galaxy) et je voudrais commencer les différents analyses. Pour cette raison il sera nécessaire dune augmentation de espace pour les stockages de différents résultats. Je vous remercie par avance.

Cordialement,

Rodolfo

#3

Bonjour @rrondon,

Désolé pour le délais.
Avez-vous une affiliation avec un laboratoire Français ?

#4

Bonjour,

Je nai pas affiliation de laboratoire français, je maintien de collaboration avec un laboratoire français pour le projet en cours pour le quelle je dois faire les analyses RNAseq. Jai une compte avec la plateforme Galaxy ABIMS de Roscoff la quelle nous informe que va fermer et nous conseilles douvrir une compte avec vous. Je nai pas le droit d`avoir une compte dans votre plateforme galaxy?

Cordialement,

Rodolfo

#5

En vérité, nous sommes encore en période de rodage sur ce type d'aspect.

Pour être franc, nous accorderons peut-être plus automatiquement des grosses extensions de quota aux labos Français mais nous ne fermons pas du tout la porte aux utilisateurs de labos étrangés.

Est-ce que ça vous va si nous étendons à 500GB votre quota pour une durée initiale de 2 mois ?

Sachant, que ça ne sera pas de la suppression automatique au bout des 2 mois mais une prise de contacte pour savoir si ce quota vous est encore utile.

#6

Oui Gildas, ça cest une bonne option. Également, Je vous informerai quand jarrive a la fin des analyses, que pourrait être avant de deux mois. Je prendre soin aussi deffacer les archives quand ne seront plus nécessaire et vous informer si je naurai plus besoin d`autant espaces de stockage. Merci

Très cordialement,

Rodolfo

#7

C'est fait

Vous disposez maintenant de 500GB de quota.

Bonne continuation :slight_smile:

#8

Merci bien

#9

Bonjour Gildas,

Jai un petit problème, jai chargé 64 bibliothèques avec un total dun peu plus de 100 gb, en suite jai fait des Quality checks pour tous les bibliothèques et filter by quality dune seule et des interlaces, en utilisant 21% de la quota de stockage. Après de lancer un transcriptome assembly avec Trinity le stockage a monté dun coup a 600 gb sans commencer lanalyse. Jai effacé les filter by quality et les interlaces et ma compte est de 595 gb actuellement, mais les fichiers n`occupent pas ce quantité.

Savez vous quest que cest le problème? Comment pourrais-je l`arranger? Je vous remercie para avance.

Cordialement,

Rodolfo

#10

Juste supprimer un dataset ne suffit pas pour libérer la place.
Il faut aussi purger les deleted datasets.

Ceux sont bien des données compressées .fq.gz ?

#11

Oui cest vrais, je sui conscient de ça, mais je mes suis rendu compte que cétait de fichiers cachés générés par trinity a l’heure de faire lassemblage avec les bibliothèques comprimés. Je les ai effacés. Jai la place maintenant :grinning:

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