# Demande d'installation de GATK 3.8

**URL:** <https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-dinstallation-de-gatk-3-8/2704>\
**Category:** IFB Core Cluster\
**Tags:** demande-installation\
**Created:** [Janvier 31, 2023, 8:48 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-dinstallation-de-gatk-3-8/2704 "2023-01-31T20:48:55Z")\
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**Author:** ![ltalignani](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/ltalignani/32/894_2.png) [@ltalignani](https://community.france-bioinformatique.fr/u/ltalignani)\
**Post date:** [Janvier 31, 2023, 8:48 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-dinstallation-de-gatk-3-8/2704/1 "2023-01-31T20:48:56Z")

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Bonjour,

Je travaille sur le séquençage d'individus du moustique Anopheles gambiae. Mon jeu de données prolonge une précédente étude du consortium 1000 génomes moustiques (AG1000G) dont le SNP calling a été réalisé à l'aide de GATK 3 entre 2014 et 2017.  
De manière à me servir du jeu de données du 1000 génomes comme référence, je souhaiterais pouvoir utiliser GATK 3.8.  
Malheureusement, ce dernier n'est pas disponible en module, ni en environnement conda partagé.  
J'ai tenté de l'installer à partir d'une installation de miniconda3 que j'ai réalisée dans mon home/ (conda install -c bioconda gatk) mais ça ne fonctionne pas.

Serait-il possible d'installer GATK 3.8 en module ? Si nécessaire, j'ai à ma disposition un jar (package-archive-gatk-GenomeAnalysisTK-3.8-0-ge9d806836.tar.bz2) dans mon répertoire aedes\_amplicon.

En vous remerciant par avance pour l'aide précieuse apportée,  
Cordialement,

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**Post date:** [Février 3, 2023, 9:10 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-dinstallation-de-gatk-3-8/2704/2 "2023-02-03T09:10:49Z")

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Bonjour,

Demande d'installation en cours:

> **[add gatk/3.8 (conda) (!1000) · Merge requests · Institut Français de...](https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools/-/merge_requests/1000)**
>
> Demande: https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-dinstallation-de-gatk-3-8/2704

En revanche, même si j'entends la problématique de prolonger l'étude précédente, je ne peux que vous inviter à utiliser une version plus récente de GATK. De nombreuses améliorations et corrections sont apportés.  
gatk3 n'est d'ailleurs plus maintenu et l'équipe recommande d’utiliser gatk4.

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**Author:** ![ltalignani](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/ltalignani/32/894_2.png) [@ltalignani](https://community.france-bioinformatique.fr/u/ltalignani)\
**Post date:** [Février 5, 2023, 5:02 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-dinstallation-de-gatk-3-8/2704/3 "2023-02-05T05:02:55Z")

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Bonjour,

Nous utilisons d'habitude HaplotypeCaller et sommes bien conscients des améliorations apportées par celui-ci, mais cette étude nécessite de découvrir les variants selon la même méthode que celle utilisée en 2014 de manière à ne pas introduire de biais. Il s'agit d'un important ajout de populations de moustiques au projet AG1000G, sur des régions qui n'avaient pas encore été étudiées et qui sont extrêmement intéressantes.

En tous cas, merci pour votre réponse.

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**Author:** ![dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/dbenaben/32/43_2.png) [@dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dbenaben)\
**Post date:** [Février 8, 2023, 9:15 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-dinstallation-de-gatk-3-8/2704/4 "2023-02-08T09:15:25Z")

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Bonjour,

Le module est maintenant disponible. Comme d'habitude:

```auto
module load gatk/3.8

```

Bonne journée

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**Author:** ![benjaminpelissie](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/b/d9b06d/32.png) [@benjaminpelissie](https://community.france-bioinformatique.fr/u/benjaminpelissie)\
**Post date:** [Novembre 29, 2023, 11:04 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-dinstallation-de-gatk-3-8/2704/5 "2023-11-29T11:04:52Z")

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Bonjour.  
J'ai aussi un besoin momentanné de faire tourner certains outils de gatk3. Dans mon cas, après 'module load gatk/3.8', 'srun gatk DepthOfCoverage' me donne la sortie suivante : 'slurmstepd: error: execve(): gatk: No such file or directory'  
Vous avez une idée du problème?  
-ben

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**Author:** ![ltalignani](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/ltalignani/32/894_2.png) [@ltalignani](https://community.france-bioinformatique.fr/u/ltalignani)\
**Post date:** [Novembre 29, 2023, 11:28 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-dinstallation-de-gatk-3-8/2704/6 "2023-11-29T11:28:05Z")

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Bonjour,

La bonne commande de gatk 3.8 est

```auto
gatk3 -T DepthOfCoverage

```

Cordialement,