Bonjour @team.software,
serait-il possible d'installer l'outil TransPi ?
J'essaye en ce moment de l'installer sur mon compte, mais l'installation est remplie d'étapes un peu compliquées et je crains de faire une erreur sur le cluster en essayant de le faire fonctionner. Peut-être qu'il serait plus prudent de laisser votre équipe l'installer, si vous le voulez bien ?
Je vous remercie d'avance, bonne journée !
François
Bonjour @Francois_M ,
A priori, TransPi est une workflow Nextflow. Il n'y a pas d'installation à proprement dit.
J'ai vu la liste des outils utilisés et nous en avons déjà pas mal. Il faudrait faire une correspondance avec un module avail
Ou bloques-tu exactement ?
ping @team.workflow
Merci pour cette réponse rapide.
D'accord, la mise en place du logiciel est donc peut-être plus simple que je ne pensais.
Pour le moment je bloque à un message d'erreur lors de l'utilisation du logiciel:
from transabyss import package_info
J'imagine qu'il est nécessaire d'installer le module transabyss ?
J'ai comparé la liste des ressources nécessaires avec celles disponibles avec module avail, il semble qu'il manque une dizaine d'outils (rnaSPADES, SOAP, Oases, TransABySS, EvidentialGene, CD-Hit, Psytrans, rnammer, tmhmm et iPath). Peut-être est-il possible de les installer ?
N'hésitez pas à me faire savoir si jamais c'est quelque chose que je peux faire moi-même 
Merci
François
Bonjour,
quelle ligne de commande lancez vous ?
Utilisez vous -profile conda qui permet de gérer les dépendances logiciels du workflow et donc de ne pas tout installer sur le cluster ?
Enfin avez vous généré le fichier nextflow.config ? Si oui pouvez vous me le transmettre ?
Merci
Bonjour,
J'utilise cette ligne de commande:
srun --mem 50GO --cpus-per-task 15 nextflow run TransPi.nf --all --reads '../reads/SRR2351390_[1,2].fastq.gz' --k 25,35 --maxReadLen 51 -profile conda
J'ai bien généré un nextflow.config, le voici : WeTransfer - Send Large Files & Share Photos Online - Up to 2GB Free
Merci