Bonjour @team.software
Serait-il possible d'installer l'outil Trycycler (permet de faire un assemblage consensus à partir de plusieurs assemblage d'une même souche bactérienne) ?
Merci beaucoup par avance
Chloé
bonjour,
C'est en cours :
Cordialement,
Loraine
Bonjour @gildaslecorguille et @lgueguen
je suis en train de tester trycycler et il y a un message d'erreur à l'étape 2 clustering contigs. en effet, trycycler est sencé sortir deux fichiers, un .phylip et un .newick et il y a une erreur pour générer le dernier fichier(arbre au format newick). Je ne la comprends pas bien sur ... cf ci dessous
pourriez vous m'aider ?
merci beaucoup !! 
Chloé
saving distance matrix: /shared/projects/mbovis_diversity/Assembly_ONT/8_trycycler/2_cluster/contigs.phylip
Traceback (most recent call last):
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/trycycler-0.4.2/bin/trycycler", line 10, in
sys.exit(main())
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/trycycler-0.4.2/lib/python3.8/site-packages/trycycler/main.py", line 40, in main
cluster(args)
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/trycycler-0.4.2/lib/python3.8/site-packages/trycycler/cluster.py", line 43, in cluster
build_tree(seq_names, seqs, depths, matrix, args.out_dir, cluster_numbers)
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/trycycler-0.4.2/lib/python3.8/site-packages/trycycler/cluster.py", line 260, in build_tree
tree_script, newick = create_tree_script(temp_dir, phylip)
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/trycycler-0.4.2/lib/python3.8/site-packages/trycycler/cluster.py", line 279, in create_tree_script
return str(tree_script), pathlib.Path(newick).relative_to(pathlib.Path.cwd())
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/trycycler-0.4.2/lib/python3.8/pathlib.py", line 907, in relative_to
raise ValueError("{!r} does not start with {!r}"
ValueError: '/shared/projects/mbovis_diversity/Assembly_ONT/8_trycycler/2_cluster/contigs.newick' does not start with '/shared/ifbstor1/projects/mbovis_diversity/Assembly_ONT'
srun: error: cpu-node-14: task 0: Exited with exit code 1
Bonjour,
Je crains que cela dépasse nos compétences.
Peux-tu poster ton erreur dans une "issue" sur le repo GitHub de Tycycler ?
L'auteur sera plus à même de trouver où cela cloche.
ok super merci je vais le faire de suite !!
Chloé
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