Bonjour,
S'il vous plaît, pourrais-je avoir accès à la partition bigmem? Mon login est yyeo.
Merci et bonne journée,
Bonjour,
A priori, vous n'utilisez pas correctement les ressources allouées ou vous en demandez trop.
Les dizaines de milliers de jobs lancés n'utilisent que très peu de mémoire: moins de 6Go sur les 160Go demandé et alloué. Les CPU ne sont pas beaucoup utilisés non plus.
Pour visualiser les ressources utilisées, vous pouvez utiliser la commande seff <jobid> une fois le job terminé. Par exemple:
$ seff 33181271
Job ID: 33181271
Cluster: core
User/Group: yyeo/yyeo
State: COMPLETED (exit code 0)
Nodes: 1
Cores per node: 4
CPU Utilized: 00:01:23
CPU Efficiency: 41.50% of 00:03:20 core-walltime
Job Wall-clock time: 00:00:50
Memory Utilized: 2.31 GB
Memory Efficiency: 1.44% of 160.00 GB
On voit ici que seul 2CPU sont utilisés (41.5 % des 4 CPU) et 2.31Go de mémoire (sur les 160Go).
Il faut donc travailler la commande, les options du programme (GATK par exemple) pour que les ressources alloués correspondent aux ressources utilisées ou peut-être simplement diminuer les ressources.
Si nécessaire, vous pouvez aussi demander jusqu'à 250G de mémoire (un nœud standard) et s'il faut encore, nous pourrons alors vous donner accès à la machine bigmem.
Bonjour,
Merci de votre réponse. J'essaie toutes les options que vous venez d'indiquer.
Je vous tiendrez informé de la suite
Merci