Demande installation gIMBle

Bonjour,

Serait-il possible d'installer gIMble sur le cluster IFB (lien github : GitHub - DRL/gIMble: A genome-wide IM blockwise likelihood estimation toolkit) ?

Merci d'avance,

Cordialement,

Pierre Barry

Bonjour Pierre,

gIMble n'est pas packagé et cela nous demande plus de ressource (pour l'installer) que nous n'avons pas en ce moment.
Je vous invite donc à contacter si possible le développeur pour demander à packager et ainsi faciliter le déploiement du logiciel.

Dans tous les cas, il est possible d'installer gIMble dans votre home.
Il faut charger conda (ou l'installer: Miniconda — conda documentation)

# Load conda module (to create or use your environment)
module load conda

Et suivre l'installation recommandé dans la documentation ( dans votre home directory en suivant:

# clone repository
git clone https://github.com/DRL/gimble.git

# create conda enviroment with dependencies
conda create -n gimble && \
source activate gimble && \
conda install bedtools bcftools samtools vcflib mosdepth pysam numpy docopt tqdm pandas tabulate zarr nlopt scikit-allel parallel more-itertools networkx giac sagelib matplotlib msprime networkx pygraphviz nlopt sympy cerberus maxima -c conda-forge -c bioconda 

Dites-nous si c'est bon pour vous