Bonjour,
Serait-il possible de créer un module pour paleomix 1.3.6.?
Si pas, est que les dépendances de cette pipeline pourrait être installées?
Celles qui ne sont pas déjà là sont:
Merci beaucoup.
Nisha Dwivedi
Bonjour, installation en cours: add paleomix (!723) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab
Bonjour,
Paleomix est maintenant disponible (merci @Francois)
module load paleomix/1.3.6
Bonne journée
Bonjour,
Merci beaucoup pour vos réponses et l'installation de paleomix!
J'ai re-testé d'utiliser cette pipeline mais il semble que la version de mapDamage sur le cluster reste un problème. Le message d'erreur précise que: "version requirements not met for mapDamage: Expected at least v2.2.1, but found v1.3.6."
Desolée d'en demander plus mais serait-il aussi possible de mettre à jour le module de mapDamage?
Merci beaucoup!
Nisha
Le module paleomix/1.3.6 vient avec la version 2.2.1 de mapDamage:
module load paleomix/1.3.6
mapDamage --version
2.2.1
Pouvez-vous re-essayer en faisant au préalable un module purge (puis en rechargeant le module paleomix) ?
Je vois, merci. Malheureusement j'ai toujours un problème avec mapDamage (j'attache un screenshot de l'erreur). Je sais pas si vous avez une solution pour ça?
Merci, Nisha
Vous avez une version de MapDamage installé dans votre environnement (dans votre home: /.local/lib/python3.9/site-packages/) et cela semble causer l'erreur.
Le plus simple est peut-être de désinstaller cette version locale.
Via pip (pip uninstall ...) ou en supprimant le package:
# Suppression du package
rm /shared/home/ndwivedi/.local/lib/python3.9/site-packages/mapdamage-2.2.1-py3.9-linux-x86_64.egg
# suppression de l'entrée dans /shared/home/ndwivedi/.local/lib/python3.9/site-packages/easy-install.pth
vim /shared/home/ndwivedi/.local/lib/python3.9/site-packages/easy-install.pth
Si vous avec besoin de cette version installé par vos soin, il faut privilégier l'utilisation de virtualenv ou équivalent afin de cloisonner les différents environnements.
Effectivement, ça a marché, un très grand merci!
Nisha