Demande package R

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
1

Chères @team.ifbcorecluster, @team.r

Je cherche à faire tourner sur R sur le cluster (idéalement v4). Serait il possible d'intégrer les packages suivants svp ? :

BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 (bioconductor)
NMF (CRAN)
lpSolve (CRAN)
nnls (CRAN)
GenSA (CRAN)
gmp (CRAN)
RCircos (CRAN)
signature.tools.lib (devtools::install_github("Nik-Zainal-Group/signature.tools.lib")

à noter que j'ai essayé d'installer cet environnement sur le Rstudio de l'IFB. Tout va bien pour l'installation sauf pour

BiocManager::install("gmp")

je reçois le message suivant :

Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.3 (2020-02-29)
Installing package(s) 'gmp'
trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/gmp_0.6-0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 156314 bytes (152 KB)

downloaded 152 KB

  • installing source package ‘gmp’ ...
    ** package ‘gmp’ successfully unpacked and MD5 sums checked
    ** using staged installation
    checking for gcc... gcc
    checking whether the C compiler works... yes
    checking for C compiler default output file name... a.out
    checking for suffix of executables...
    checking whether we are cross compiling... no
    checking for suffix of object files... o
    checking whether we are using the GNU C compiler... yes
    checking whether gcc accepts -g... yes
    checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
    checking for __gmpz_ui_sub in -lgmp... no
    configure: error: GNU MP not found, or not 4.1.4 or up, see http://gmplib.org
    ERROR: configuration failed for package ‘gmp’
  • removing ‘/shared/mfs/data/home/gbeinse/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library/3.6/gmp’

L'objectif final est d'utiliser les fonctions calc.ai() calc.lst() et calc.hrd() de GitHub - Nik-Zainal-Group/signature.tools.lib: R package containing useful functions for mutational signature analysis

Merci par avance de votre aide sur ce nouveau sujet !

Bien cordialement

Guillaume

2

Bonjour,

C'est en cours d'installation (étape dev et preprod)

3

Bonjour,

Merci pour votre réponse

Je ne comprend pas tout à fait ce que je lis sur le gitlab mais j'ai l'impression que l'installation n'a pas fonctionné ?

Lorsque je lance le job suivant :

library(BiocManager)
library(BSgenome)
library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38)
[...]
library(signature.tools.lib)

Sur R3.6.3 sur le cluster j'ai
"Error in library(signature.tools.lib) :
there is no package called ‘signature.tools.lib’"

Sur R4.0.0 sur le cluster j'ai
"Error in library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38) :
there is no package called ‘BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38’"

Auriez vous des informations nouvelles à ce sujet ?

Encore un grand merci

Bien cordialement

Guillaume Beinse

4

Bonjour,

En effet ca n'a pas trés bien fonctionné ...

Pouvez vous essayer avec le module r/4.0.2 ? Qui est en cours de préparation mais qui normalement contient déjà ce package:

1 « J'aime »