# Disk quota exceed

**URL:** <https://community.france-bioinformatique.fr/t/disk-quota-exceed/5645>\
**Category:** IFB Core Cluster\
**Created:** [Décembre 10, 2024, 3:22 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/disk-quota-exceed/5645 "2024-12-10T15:22:49Z")\
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**Author:** ![auhart](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/a/4da419/32.png) [@auhart](https://community.france-bioinformatique.fr/u/auhart)\
**Post date:** [Décembre 10, 2024, 3:22 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/disk-quota-exceed/5645/1 "2024-12-10T15:22:49Z")

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Bonsoir,

En essayant de générer un fichier HTML à partir de mon script Rmarkdown, je rencontre des erreurs de type "Write Error", ce qui empêche certains graphiques d'être générés correctement (ils sont coupés). Ensuite, j'obtiens le message suivant :

processing file: scRNAseq\_Andrea\_2024\_DeepSeq.Rmd  
|.......................... | 50% [unnamed-chunk-28] Write Error  
|............................. | 57% [unnamed-chunk-32] Write Error  
|............................................... | 93% [unnamed-chunk-54] Write Error

Error in writeLines(enc2utf8(text), con, ..., useBytes = TRUE) :  
Error writing to connection: Disk quota exceeded  
Calls: -\> -\> write\_utf8 -\> writeLines  
Execution halted

Finalement, mon fichier HTML n'est pas généré. Je ne comprends pas l'origine de cette erreur, pourriez-vous m'aider à résoudre ce problème ?

Merci beaucoup pour votre aide !

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**Author:** ![dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/dbenaben/32/43_2.png) [@dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dbenaben)\
**Post date:** [Décembre 10, 2024, 4:29 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/disk-quota-exceed/5645/2 "2024-12-10T16:29:03Z")

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Bonsoir,

Votre home directory (`/shared/home/auhart`) est remplit (112.4 Go sur un quota max de 100Go):

```auto
Disk quotas for prj 165687 (pid 165687):
     Filesystem used quota limit grace files quota limit grace
/shared/home/auhart
                 112.4G* 100G 150G none 56462 100000 150000 -

```

Votre home ne doit pas contenir de données "projet" (tel que `DeepSequencing_scRNAseq_ADB`).  
Les données brutes, traités, scripts, etc. doivent être placé dans le dossier projet correspondant (tel que `/shared/projects/scrnaseq_on_muscle_regenetation`).

Il faut donc déplacer vos données dans ce dossier.

A noter que vous pouvez demander la création de plusieurs projets si besoin.

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<div class="post-metadata">

**Author:** ![auhart](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/a/4da419/32.png) [@auhart](https://community.france-bioinformatique.fr/u/auhart)\
**Post date:** [Décembre 11, 2024, 9:13 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/disk-quota-exceed/5645/3 "2024-12-11T09:13:08Z")

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D'accord, parfait, merci c'est résolu. Et comment puis-je lancer une session R avec une limite de temps allant à plus de 12 heures ?  
Merci et bonne journée

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**Author:** ![dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/dbenaben/32/43_2.png) [@dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dbenaben)\
**Post date:** [Décembre 11, 2024, 10:27 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/disk-quota-exceed/5645/4 "2024-12-11T10:27:09Z")

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Ce n'est pas possible avec RStudio sur [OnDemand](https://ondemand.cluster.france-bioinformatique.fr/). RStudio est dédié à un usage interactif.

Pour lancer des traitements, il faut soumettre un job sur le cluster directement via Slurm (cf. documentation [https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/](https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/)).  
On peut par exemple facilement lancer un script réalisé avec RStudio sur le cluster à l'aide de RScript: [https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/software/r/#migrate-from-rstudio-2-rrscript](https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/software/r/#migrate-from-rstudio-2-rrscript).