Bonjour à la TaskForce !
Pour mettre en pratique mes analyses de microbiote je souhaiterai utiliser QIIME2 ainsi que l’outils LefSe (du labo Huttenhower). Est-il possible que ce soit installé sur le cluster ?
Merci d’avance pour toute réponse !
Mathias
Bonjour Mathias,
Nous procédons à l’installation et revenons vers toi dès que c’est disponible.
Bonne journée
Génial ! Merci beaucoup.
Mathias,
QIIME 2 (version 2019.1) et LDA Effect Size (LEfSe, version 1.0.8) viennent d’être installés: https://gitlab.cluster.france-bioinformatique.fr/taskforce/conda-env/merge_requests/83
Les logiciels sont disponibles via les commandes module:
module load qiime2/r2019.01
module load lefse/1.0.8
Merci de nous signaler tout dysfonctionnement que vous pourriez constater.
Bonne fin d’après-midi
Bonjour David,
Parfait… un peu trop rapide pour que je puisse tester avec mon jeu de données immédiatement mais dès que j’en serai à cette étape je vous ferai un retour.
Bravo pour votre efficacité.
Bon week-end,
Mathias