J'ai un problème pour effacer les fichiers/dossiers sur le cluster.
J'avais interpellé @Francois , @nc-support , @gseith , @dbenaben car j'avais noté ce problème sur la VM RSAT, mais j'ai apparemment le même problème sur le login node du cluster, et pour les dossiers de mon compte $HOME. Le problème n'est donc spécifique ni de la VM, ni de l'espace-disque RSAT.
Je pose donc la question ici pour le cas où d'autres usagers seraient concernés.
J'essaie de faire de l'ordre dans mon dossier $HOME sur core.cluster.france-bioinformatique.fr.
Quand j'exécute rm -rf sur un gros dossier, il me sort un tas d'erreurs :
(base) [jvanhelden@clust-slurm-client ~]$ rm -rf rsat_repositories
... (quelques dizaines de lignes du même style)
rm: cannot remove ‘rsat_repositories/rsat_fresh_from_git/perl-scripts/lib/js/c3-0.4.10/htdocs/js’: Bad address
rm: cannot remove ‘rsat_repositories/motif_databases/.git/logs/refs/remotes’: Bad address
rm: cannot remove ‘rsat_repositories/motif_databases/.git/objects’: Bad address
rm: cannot remove ‘rsat_repositories/motif_databases/.git/refs/remotes’: Bad address
rm: cannot remove ‘rsat_repositories/motif_databases/JASPAR/Jaspar_2018’: Bad address
rm: cannot remove ‘rsat_repositories/motif_databases/JASPAR/Jaspar_2020’: Bad address
rm: cannot remove ‘rsat_repositories/motif_databases/JASPAR/Jaspar_2016’: Bad address
Il efface apparemment la plupart des fichiers, car je passe de 2Go à 2Mo
du -sm rsat_repositories
2 rsat_repositories
Il reste cependant aussi quelques fichiers (ce n'est pas seulement un problème de dossier vs fichier)
(base) [jvanhelden@clust-slurm-client ~]$ find rsat_repositories -type f
rsat_repositories/demo_files/.git/index
rsat_repositories/rsat_fresh_from_git/.git/index
rsat_repositories/motif_databases/.git/index
(je note au passage qu'il s'agisse des 3 index de git)
Quand j'essaie d'effacer uniquement les fichiers j'ai le même problème
(base) [jvanhelden@clust-slurm-client ~]$ find rsat_repositories -type f -exec rm {} \;
rm: cannot remove ‘rsat_repositories/demo_files/.git/index’: Bad address
rm: cannot remove ‘rsat_repositories/rsat_fresh_from_git/.git/index’: Bad address
rm: cannot remove ‘rsat_repositories/motif_databases/.git/index’: Bad address
Le problème semble sporatique : je répète la même commande et au 2ème coup ça marche.
(base) [jvanhelden@clust-slurm-client ~]$ find rsat_repositories -type f -exec rm {} \;
(base) [jvanhelden@clust-slurm-client ~]$ find rsat_repositories -type f
(base) [jvanhelden@clust-slurm-client ~]$
Quelqu'un comprend ça ?