Erreur avec Filter SAM

Galaxy
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Bonjour,
J’ai un souci avec l’outil : Filter SAM on bitwise flag values (Galaxy Version 1.0.0)
Je lui donne un fichier sam en input. Je clique sur « Insert Flag », puis « Read is mapped in a proper pair » et je coche « Yes » dans la partie « Set the states for this flag ».
L’erreur que j’obtiens est la suivante :

File "/shared/ifbstor1/galaxy/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/devteam/sam_bitwise_flag_filter/0b2424a404d9/sam_bitwise_flag_filter/sam_bitwise_flag_filter.py", line 111
infile = open ( options.input_sam, 'r')
^
TabError: inconsistent use of tabs and spaces in indentation

Merci de votre aide!
Cordialement

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Bonjour @soblanc,

Je pense avoir réglé le problème. Pouvez-vous réessayer ?

For records

/shared/ifbstor1/galaxy/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/devteam/sam_bitwise_flag_filter/0b2424a404d9/sam_bitwise_flag_filter/sam_bitwise_flag_filter.py

    if options.input_sam:
                infile = open ( options.input_sam, 'r')
    else:
        infile = sys.stdin

Fix:

    if options.input_sam:
        infile = open ( options.input_sam, 'r')
    else:
        infile = sys.stdin

PR: https://github.com/galaxyproject/tools-devteam/pull/587

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Bonjour!
Non malheureusement j'ai toujours une erreur, mais pas la même :

File "/shared/ifbstor1/galaxy/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/devteam/sam_bitwise_flag_filter/0b2424a404d9/sam_bitwise_flag_filter/sam_bitwise_flag_filter.py", line 146
print line
^
SyntaxError: Missing parentheses in call to 'print'. Did you mean print(line)?

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Même jouer joue encore

C'est en effet un vieux outil qui n'a pas été dépoussiéré depuis un bout de temps.
Il se plaint par ce qu'il a été développé pour python2 et que par défaut, il utilisait python3

For records

Ajout d'une dépendance à python2

<tool id="sam_bw_filter" name="Filter SAM" version="1.0.0">
  <description>on bitwise flag values</description>
  <requirements>
    <requirement type="package" version="2.7">python</requirement>
  </requirements>
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ahah, je m'en suis doutée vu le message, le fameux passage python2 python3... J'ai eu un souci similaire en ligne de commande avec un autre outil récemment!
Par contre je viens de relancer, même erreur ligne 146... :confused:

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J'ai rajouté des () !
:crossed_fingers:

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Ca fonctionne! Merci! :ok_hand:
Je me suis rendue compte que Filter BAM fait très bien le boulot aussi à partir d'un bam, mais au moins les 2 outils fonctionnent maintenant. :wink:
Par contre est-ce qu'il serait possible d'installer l'outil sam-stats? je voudrais avoir des statistiques d'alignement par chromosome (dans le cadre du TP que je donne leur montrer que la plupart des reads mappent sur le chr5). J'ai essayé avec Samtools stats, Samtools flagstat ou BAM/SAM mapping stats mais aucun outil ne me donne le résultat attendu. (sam-stats était encapsulé sous Galaxeast).
Merci d'avance!! :slight_smile:

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Erreur de ma part! Pas besoin de sam-stats : l'outil Samtools idxstats déjà présent sur Galaxy fait très bien le travail! :slight_smile: :+1:

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