Erreur ipyrad module not found

Bonsoir
j'ai un problème en essayant d'utiliser ipyrad ce soir, j'ai les erreurs suivantes:

/var/spool/slurm/slurmd/job39609773/slurm_script: line 39: module: command not found
/var/spool/slurm/slurmd/job39609773/slurm_script: line 53: ipyrad: command not found
########################################
Job ipyrad finished 2024-05-06T17:20:36+00:00
/shared/software/modules/4.6.1/init/bash: line 37: /usr/bin/tclsh: No such file or directory

J'ai lancé ipyrad comme ceci:

#!/bin/bash

################################ Slurm options #################################

Job name

#SBATCH --job-name=ipyrad_Eunicella

Limit run time "days-hours:minutes:seconds"

#SBATCH --time=2-00:00:00

Requirements

#SBATCH --partition=long
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=96
#SBATCH --mem=48GB

module load ipyrad/0.9.84
ipyrad -p params-RAD_spec_nov.txt -s 1234567 -f -c 96

Plus tôt dans la journée cela semblait marcher pourtant
merci
Didier

Bonjour Didier,

Vos derniers jobs d'hier soir ont été exécutés sur un noeud différent (cpu-node-96) de ceux du début d'aprem.
Il s'avère que ce noeud (cpu-node-96) a bien une anomalie.
Nous l'avons sortis du cluster pour réparer.

Vous ne devriez donc plus rencontrer ce type de problème (faite nous signe sinon!).

Merci pour l'alerte.

Bonjour
merci de votre réponse, j'ai effectivement pu relancer l'analyse.
Par contre cette fois j'ai une autre erreur: je lance une analyse ipyrad en denovo, et après l'étape d'alignement des clusters, j'ai l'erreur suivante:

Encountered an Error.
Message: IndexError: string index out of range
Parallel connection closed.

Le log complet est ici:
/shared/home/daurelle/ipyrad-39651713.out

Avez vous une idée de comment y remédier?
Merci
Didier

Bonjour,

Le fichier de sortie n'est plus accessible mais l'erreur string index out of range semble indiquer une erreur dans l'utilisation ou dans les fichiers d'entrée (ou un bug).
Ce n'est à priori pas lié au cluster ou à l'installation, et du coup ça me dépasse personnellement :stuck_out_tongue:

Bonsoir
merci je comprends. Apparemment ce type d'erreur a déjà été observé de temps en temps sur ipyrad, comme par exemple ici: Step3 error IndexError: string index out of range · Issue #489 · dereneaton/ipyrad · GitHub
Est-il possible d'avoir une version plus récente d'ipyrad et de l'utiliser sous Python 3.10 (voir ici)?
merci
Didier

Demande d'installation en cours (ipyrad 09.95 avec python 3.10):

@daurelle

ipyrad 09.95 (avec python 3.10) est maintenant disponible.
Comme d'habitude:

module load ipyrad/0.9.95

Bonne soirée

Bonsoir
je viens d'essayer et ça fonctionne avec ipyrad 09.95, je n'ai plus d'erreur!
A noter que l'erreur était observée pour une analyse en de novo mais que ça fonctionnait sur génome de référence.
Merci!
Didier

Parfait. Merci pour l'info.