Bonjour,
je suis en train d'utiliser qualimap pour regarder la qualité de mon alignement. Pour tourner, bamQC a besoin de java et de r. tous les modules sont bien chargés, je lance la ligne de commande, il commence son process mais me sort un message d'erreur sur java que je ne comprends pas et ne sais du coup pas résoudre …
quelqu'un pourrait-il m'aider ?
merci d'avance !
Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Can't connect to X11 window server using 'localhost:11.0' as the value of the DISPLAY variable.
at sun.awt.X11GraphicsEnvironment.initDisplay(Native Method)
at sun.awt.X11GraphicsEnvironment.access$200(X11GraphicsEnvironment.java:65)
at sun.awt.X11GraphicsEnvironment$1.run(X11GraphicsEnvironment.java:115)
at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
at sun.awt.X11GraphicsEnvironment.(X11GraphicsEnvironment.java:74)
at java.lang.Class.forName0(Native Method)
at java.lang.Class.forName(Class.java:264)
at java.awt.GraphicsEnvironment.createGE(GraphicsEnvironment.java:103)
at java.awt.GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment(GraphicsEnvironment.java:82)
at sun.awt.X11.XToolkit.(XToolkit.java:126)
at java.lang.Class.forName0(Native Method)
at java.lang.Class.forName(Class.java:264)
at java.awt.Toolkit$2.run(Toolkit.java:860)
at java.awt.Toolkit$2.run(Toolkit.java:855)
at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
at java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit(Toolkit.java:854)
at sun.swing.SwingUtilities2.getSystemMnemonicKeyMask(SwingUtilities2.java:2020)
at javax.swing.plaf.basic.BasicLookAndFeel.initComponentDefaults(BasicLookAndFeel.java:1158)
at javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel.initComponentDefaults(MetalLookAndFeel.java:431)
at javax.swing.plaf.basic.BasicLookAndFeel.getDefaults(BasicLookAndFeel.java:148)
at javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel.getDefaults(MetalLookAndFeel.java:1577)
at javax.swing.UIManager.setLookAndFeel(UIManager.java:539)
at javax.swing.UIManager.setLookAndFeel(UIManager.java:579)
at javax.swing.UIManager.initializeDefaultLAF(UIManager.java:1349)
at javax.swing.UIManager.initialize(UIManager.java:1459)
at javax.swing.UIManager.maybeInitialize(UIManager.java:1426)
at javax.swing.UIManager.getDefaults(UIManager.java:659)
at javax.swing.UIManager.getColor(UIManager.java:701)
at org.jfree.chart.JFreeChart.(JFreeChart.java:258)
at org.jfree.chart.ChartFactory.createXYLineChart(ChartFactory.java:1748)
at org.bioinfo.ngs.qc.qualimap.beans.BamQCChart.render(BamQCChart.java:186)
at org.bioinfo.ngs.qc.qualimap.beans.BamQCRegionReporter.computeChartsBuffers(BamQCRegionReporter.java:673)
at org.bioinfo.ngs.qc.qualimap.process.MultisampleBamQcAnalysis.runBamQcOnSamples(MultisampleBamQcAnalysis.java:168)
at org.bioinfo.ngs.qc.qualimap.process.MultisampleBamQcAnalysis.run(MultisampleBamQcAnalysis.java:79)
at org.bioinfo.ngs.qc.qualimap.main.MultisampleBamQcTool.execute(MultisampleBamQcTool.java:168)
at org.bioinfo.ngs.qc.qualimap.main.NgsSmartTool.run(NgsSmartTool.java:190)
at org.bioinfo.ngs.qc.qualimap.main.NgsSmartMain.main(NgsSmartMain.java:113)
srun: error: cpu-node-76: task 0: Exited with exit code 1
Bonjour Chloé,
Le message Can't connect to X11 window server indique que le logiciel essaie d'avoir un affichage ou une interaction graphique.
C'est pour l'instant déconseillé sur le cluster (des trucs et astuces existent mais ne sont pas opérationnels pour l'instant).
La documentation de Qualimap donne plusieurs pistes de résolution: Qualimap: Evaluating next generation sequencing alignment data
To make Qualimap work simply unset this variable:
unset DISPLAY
or like this:
export DISPLAY=:0
Additionally it’s possible to use a special option of Java
-Djava.awt.headless=trueto disable display requirement.
Enabling this option can be performed by setting JAVA_OPTS variable in system or by changing java_options variable in the qualimap script:
java_options="-Djava.awt.headless=true -Xmx$JAVA_MEM_SIZE -XX:MaxPermSize=1024m
Je vous propose donc d'essayer une des ces pistes et de revenir vers nous si besoin.
Bonne continuation