# Erreur kraken2 Killed **URL:** \ **Category:** Scientific support\ **Created:** [Novembre 21, 2024, 1:35 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-kraken2-killed/5587 "2024-11-21T13:35:21Z")\ **Posts on this page:** 9\ **Page:** 1
**Author:** ![daurelle](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/daurelle/32/1145_2.png) [@daurelle](https://community.france-bioinformatique.fr/u/daurelle)\ **Post date:** [Novembre 21, 2024, 1:35 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-kraken2-killed/5587/1 "2024-11-21T13:35:21Z")
Bonjour j'essaie d'utiliser kraken2 sur un ensemble de fichiers de données de séquençage RAD. Après avoir chargé le module, je lance kraken comme ceci: kraken2 --use-names --db /shared/data/bank/nt/kraken2/2024-05-30/ --gzip-compressed ${fastq}.fastq.gz --report ${fastq}.txt --unclassified-out ${fastq}kraken L'analyse démarre puis j'ai cette erreur: Loading database information...Killed Est-ce un problème de mémoire? J'ai demandé #SBATCH --mem-per-cpu=100GB Merci Didier ---
**Author:** ![dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/dbenaben/32/43_2.png) [@dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dbenaben)\ **Post date:** [Novembre 21, 2024, 1:54 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-kraken2-killed/5587/2 "2024-11-21T13:54:39Z")
Bonjour Didier, En effet, certains de vos jobs (le dernier par exemple) sont tués cause 'Out Of Memory'. ```auto sacct -S 2024-11-20 -o JobID%15,JobName%20,ReqMEM,MaxRSS,AllocCPUS,Elapsed,State%20 -u daurelle [...] 42706210 Kraken2 400G 4 00:07:21 CANCELLED by 164955 42706210.batch batch 384604796K 4 00:07:28 OUT_OF_MEMORY ``` Il faut donc retenter en augmentant la mémoire. Dites-nous ce qu'il en est ! ---
**Author:** ![daurelle](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/daurelle/32/1145_2.png) [@daurelle](https://community.france-bioinformatique.fr/u/daurelle)\ **Post date:** [Novembre 21, 2024, 2:40 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-kraken2-killed/5587/3 "2024-11-21T14:40:12Z")
Effectivement ça fonctionne avec plus de mémoire, j'ai dû augmenter à 1000GB quand même. Question supplémentaire: la base de données dans /shared/data/bank/nt/kraken2/2024-05-30/ semble être la version core\_nt Database ? Merci Didier ---
**Author:** ![oliver\_feudj4](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/oliver_feudj4/32/876_2.png) [@oliver\_feudj4](https://community.france-bioinformatique.fr/u/oliver_feudj4)\ **Post date:** [Novembre 21, 2024, 4:29 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-kraken2-killed/5587/5 "2024-11-21T16:29:45Z")
Bonjour @dbenaben Tous les jobs que je lance récemment echouent soit au début soit juste avant la fin, les erreurs sont liées à la memoire alors que je ne demande que 600GB de memoire et 100 de CPU au max le dernier en date est celui-ci :`42712853` Merci pour votre aide Olivier ---
**Author:** ![dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/dbenaben/32/43_2.png) [@dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dbenaben)\ **Post date:** [Novembre 22, 2024, 9:05 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-kraken2-killed/5587/6 "2024-11-22T09:05:27Z")
Bonjour Olivier, Ca semble bien être une erreur du programme, pas un manque de ressource. On peut regarder si vous nous donner l'erreur précise ou le fichier de sortie (le chemin/path du fichier de sortie). PS: Pensez à regarder `reportseff` pour voir les ressources utilisées versus les ressources demandées: [https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/slurm/slurm\_efficiency/#post-mortem-analysis-with-reportseff](https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/slurm/slurm_efficiency/#post-mortem-analysis-with-reportseff). Cela permets de vérifier qu'il n'y a pas un soucis avec le programme (ressource bien utilisée) et peut éviter de surallouer. ---
**Author:** ![oliver\_feudj4](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/oliver_feudj4/32/876_2.png) [@oliver\_feudj4](https://community.france-bioinformatique.fr/u/oliver_feudj4)\ **Post date:** [Novembre 22, 2024, 11:57 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-kraken2-killed/5587/7 "2024-11-22T11:57:49Z")
Bonjour @dbenaben Tout semble être rentré dans l'ordre, j'ai relancé le script et il fonctionne sans erreurs. Merci Olivier ---
**Author:** ![dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/dbenaben/32/43_2.png) [@dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dbenaben)\ **Post date:** [Novembre 22, 2024, 12:04 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-kraken2-killed/5587/8 "2024-11-22T12:04:22Z")
ok. Tant mieux alors. ---
**Author:** ![pmartin](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/p/3da27b/32.png) [@pmartin](https://community.france-bioinformatique.fr/u/pmartin)\ **Post date:** [Décembre 9, 2025, 5:30 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-kraken2-killed/5587/9 "2025-12-09T17:30:38Z")
Je pense que l’argument `--memory-mapping` de kraken2 permet d’éviter d’avoir besoin d’autant de RAM. Pour moi ça tourne sur `--db /shared/bank/nt/kraken2/2024-05-30` avec ~200GB mais ça doit pouvoir tourner avec moins aussi. ---
**Author:** ![daurelle](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/daurelle/32/1145_2.png) [@daurelle](https://community.france-bioinformatique.fr/u/daurelle)\ **Post date:** [Décembre 10, 2025, 7:34 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-kraken2-killed/5587/10 "2025-12-10T07:34:44Z")
Merci pour l’information, je l’utiliserai la prochaine fois Didier