Bonjour,
j'essaie de tester le pipeline rnaseq de nf-core sur ifb_core. J'ai donc chargé la version de nextflow la plus récente que le cluster (20.04.1) et utilisé la commande suivante
nextflow run nf-core/rnaseq -profile ifb_core,test -r 3.2
J'ai eu la première erreur suivante
N E X T F L O W ~ version 20.04.1
Launching `nf-core/rnaseq` [agitated_payne] - revision: b3ff92bc54 [3.2]
Unknown config attribute `params.projectDir` -- check config file: /shared/home/asilvert/.nextflow/assets/nf-core/rnaseq/nextflow.config
Que j'ai pu corriger en exportant la valeur correcte (?) de la variable projectDir
export projectDir=/shared/home/asilvert/.nextflow/assets/nf-core/rnaseq/
J'ai désormais l'erreur suivante
nextflow run nf-core/rnaseq -r 3.2 -profile ifb_core,test
N E X T F L O W ~ version 20.04.1
Launching `nf-core/rnaseq` [stupefied_poitras] - revision: b3ff92bc54 [3.2]
WARN: DSL 2 IS AN EXPERIMENTAL FEATURE UNDER DEVELOPMENT -- SYNTAX MAY CHANGE IN FUTURE RELEASE
No such variable: enable
-- Check script '/shared/home/asilvert/.nextflow/assets/nf-core/rnaseq/main.nf' at line: 12 or see '.nextflow.log' file for more details
Avez-vous une idée de ce qui pourrait poser le problème ? La documentation du pipeline indique demander une version de nextflow plus récente que celle présente sur le cluster (>= 21.04.0) serait-il possible que l'erreur provienne de là ?
Merci d'avance !