Erreur lancement nf-core/rnaseq

Bonjour,

j'essaie de tester le pipeline rnaseq de nf-core sur ifb_core. J'ai donc chargé la version de nextflow la plus récente que le cluster (20.04.1) et utilisé la commande suivante

nextflow run nf-core/rnaseq -profile ifb_core,test -r 3.2

J'ai eu la première erreur suivante

N E X T F L O W  ~  version 20.04.1
Launching `nf-core/rnaseq` [agitated_payne] - revision: b3ff92bc54 [3.2]
Unknown config attribute `params.projectDir` -- check config file: /shared/home/asilvert/.nextflow/assets/nf-core/rnaseq/nextflow.config

Que j'ai pu corriger en exportant la valeur correcte (?) de la variable projectDir

export projectDir=/shared/home/asilvert/.nextflow/assets/nf-core/rnaseq/

J'ai désormais l'erreur suivante

nextflow run nf-core/rnaseq -r 3.2 -profile ifb_core,test 
N E X T F L O W  ~  version 20.04.1
Launching `nf-core/rnaseq` [stupefied_poitras] - revision: b3ff92bc54 [3.2]
WARN: DSL 2 IS AN EXPERIMENTAL FEATURE UNDER DEVELOPMENT -- SYNTAX MAY CHANGE IN FUTURE RELEASE
No such variable: enable

 -- Check script '/shared/home/asilvert/.nextflow/assets/nf-core/rnaseq/main.nf' at line: 12 or see '.nextflow.log' file for more details

Avez-vous une idée de ce qui pourrait poser le problème ? La documentation du pipeline indique demander une version de nextflow plus récente que celle présente sur le cluster (>= 21.04.0) serait-il possible que l'erreur provienne de là ?

Merci d'avance !

Bonjour Alix,

Je vous propose de tester avec la version 21.04.0.
Installation en cours:

Bonjour Alix,

La version 21.04.0 est maintenant disponible mais une petite erreur s'est glissée.
En attendant la correction, il faut charger des variables d'environnement comme indiqué ci-dessous.
Pour tester avec cette nouvelle version, il faut donc faire:

export JAVA_LD_LIBRARY_PATH=/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/nextflow-21.04.0/lib/server
export JAVA_HOME=/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/nextflow-21.04.0
module load nextflow/21.04.0 

Bonjour,

La mise à jour semble avoir fonctionné, et le pipeline est désormais fonctionnel ! Merci pour votre travail !

Un warning a tout de même été observé, je le remonte dès fois que ce comportement soit non attendu.

WARN: Singularity cache directory has not been defined -- Remote image will be stored in the path: /shared/ifbstor1/projects/rasflow_implementation/nf-core-RNASeq/work/singularity -- Use env variable NXF_SINGULARITY_CACHEDIR to specify a different location