Bonjour,
Il m'est impossible d'utiliser interproscan.
J'essaye d'utiliser interproscan dans sa version 5.60-92.0 en l'occurence (elle n'a pas d'importance pour moi, mais si cela peut vous aider), et lorsque j'essaye d'utiliser "interproscan.sh -h" l'erreur suivante m'est renvoyée :
WARNING: Bind mount '/shared/home/pvendloczki => /shared/home/pvendloczki' overlaps container CWD /shared/home/pvendloczki/annotation_fijiensism2/vendloczki/functionnal_annotation/Snakemake, may not be available
/shared/software/modules/4.6.1/init/bash: line 37: /usr/bin/tclsh: No such file or directory
failed to open SSI index data/antifam/7.0/AntiFam.hmm.h3i
Je ne comprends aucune des trois lignes. J'ai réussi a installer interproscan en local sur mon ordinateur, mais je souhaiterai pouvoir l'utiliser sur le cluster, et je n'arrive pas a cerner mon problème.
Merci d'avance pour votre aide.
Cordialement.
Bonjour,
Les deux premières ligne (warning) sont sans conséquences.
Par contre, j'ai la même erreur finale 
(que je ne comprends pas non plus).
Pour info, cela fonctionne avec interproscan/5.59-91.0 en attendant que l'on corrige.
Merci pour vos réponses, je vais passer sur la version 5.59-91.0 comme indiqué !
Bonne journée !
Je reviens vers vous avec une autre erreur.
Je suis passé sur la version 5.59-91.0 d'interproscan, comme indiqué plus haut.
Lorsque j'essaye d'utiliser, via un snakefile, la commande suivante :
(interproscan.sh -i {input.fasta} -b {params.output_file} -f XML -goterms -pa -cpu {threads}) 1>{log.output} 2>{log.error}
en ayant évidemment pris soin d'assigner les bons inputs/outputs/params, le log d'erreur m'indique :
Command: python3 bin/prosite/runprosite.py data/prosite/2022_05/prosite_profiles /shared/home/pvendloczki/annotation_fijiensism2/vendloczki/functionnal_annotation/Snakemake/temp/cpu-node-62.ifb.local_20230413_095816337_3v0q//jobPrositeProfiles/000000000001_000000000006.fasta /shared/home/pvendloczki/annotation_fijiensism2/vendloczki/functionnal_annotation/Snakemake/temp/cpu-node-62.ifb.local_20230413_095816337_3v0q//jobPrositeProfiles/000000000001_000000000006.raw.out bin/prosite/pfsearchV3 -f -o 7 -t 4
Error output from binary:
bin/prosite/pfsearchV3: error while loading shared libraries: libpcre2-8.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
Error running prosite binary bin/prosite/pfsearchV3
at uk.ac.ebi.interpro.scan.management.model.implementations.RunBinaryStep.execute(RunBinaryStep.java:201)
at uk.ac.ebi.interpro.scan.jms.activemq.StepExecutionTransactionImpl.executeInTransaction(StepExecutionTransactionImpl.java:87)
at jdk.internal.reflect.GeneratedMethodAccessor94.invoke(Unknown Source)
at java.base/jdk.internal.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)
at java.base/java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:566)
at org.springframework.aop.support.AopUtils.invokeJoinpointUsingReflection(AopUtils.java:344)
at org.springframework.aop.framework.ReflectiveMethodInvocation.invokeJoinpoint(ReflectiveMethodInvocation.java:198)
at org.springframework.aop.framework.ReflectiveMethodInvocation.proceed(ReflectiveMethodInvocation.java:163)
at org.springframework.transaction.interceptor.TransactionAspectSupport.invokeWithinTransaction(TransactionAspectSupport.java:367)
at org.springframework.transaction.interceptor.TransactionInterceptor.invoke(TransactionInterceptor.java:118)
at org.springframework.aop.framework.ReflectiveMethodInvocation.proceed(ReflectiveMethodInvocation.java:186)
at org.springframework.aop.framework.JdkDynamicAopProxy.invoke(JdkDynamicAopProxy.java:212)
at com.sun.proxy.$Proxy141.executeInTransaction(Unknown Source)
at uk.ac.ebi.interpro.scan.jms.worker.LocalJobQueueListener.onMessage(LocalJobQueueListener.java:200)
at org.springframework.jms.listener.AbstractMessageListenerContainer.doInvokeListener(AbstractMessageListenerContainer.java:761)
at org.springframework.jms.listener.AbstractMessageListenerContainer.invokeListener(AbstractMessageListenerContainer.java:699)
at org.springframework.jms.listener.AbstractMessageListenerContainer.doExecuteListener(AbstractMessageListenerContainer.java:674)
at org.springframework.jms.listener.AbstractPollingMessageListenerContainer.doReceiveAndExecute(AbstractPollingMessageListenerContainer.java:3
18)
at org.springframework.jms.listener.AbstractPollingMessageListenerContainer.receiveAndExecute(AbstractPollingMessageListenerContainer.java:257
)
at org.springframework.jms.listener.DefaultMessageListenerContainer$AsyncMessageListenerInvoker.invokeListener(DefaultMessageListenerContainer
.java:1186)
at org.springframework.jms.listener.DefaultMessageListenerContainer$AsyncMessageListenerInvoker.executeOngoingLoop(DefaultMessageListenerConta
iner.java:1176)
at org.springframework.jms.listener.DefaultMessageListenerContainer$AsyncMessageListenerInvoker.run(DefaultMessageListenerContainer.java:1073)
at java.base/java.lang.Thread.run(Thread.java:834)
En cherchant un peu j'ai trouvé qu'il pourrait s'agir d'un problème avec pftools3 mais suis dans l'incapacité de vérifier cela tout de suite.
Quel est votre avis sur cette erreur ?
Merci d'avance pour votre aide !
Passez une bonne journée.
A posteriori, je remarque que je ne vous ai clairement pas donné assez d'informations pour pouvoir reproduire cette erreur, j'en suis navré.
J'en ai profité pour faire quelques tests qui me sont venus à l'esprit.
Tout d'abord j'ai fait tourné la commande suivante :
interproscan.sh -i ./genomes/Camilia/pasimportant.fasta -b ./ -f XML -goterms -pa -cpu 5
et des résultats, qui semblent complets et cohérents, ont été générés. L'option -b, indiquant un dossier pour l'output, doit indiquer un dossier existant.
Avant de modifier mon Snakefile, j'ai décidé de le relancer tel quel.
J'ignore pourquoi, mais cette fois-ci, tout a fonctionné..
Je n'ai rien fait, depuis l'envoi de mon précédent message, dans le but de "fixer" interproscan, ni sur mon projet ni sur mes scripts..
Je sais pas si cela vient de quelque chose que vous avez fait, mais dans tous les cas, je vous remercie pour votre attention et votre aide !
Bonjour Peter,
On a rien fait (à ma connaissance).
C'est étrange. Je vois pas trop d'explications. Peut-être un problème d'environnement (autre module chargé qui viendrait changer le comportement, une variable d'environnement qui traînait ou effacée, ...).
Tant mieux si ça marche en tout cas et merci pour le retour
Faut encore que l'on regarde ce qui se passe pour la version 5.60-92.0.
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Interproscan tourne dans une image singularity donc normalement, il n'y a pas trop d'interaction extérieur (env)
@pVendloczki, je vois dans vos commandes que vous travaillez dans votre home /shared/home/pvendloczki/
Ce n'est pas une bonne pratique.
Vous avez à priori accès à un espace projet annotation_fijiensism2, pensez à travailler dedans 
Bonjour !
Je suis pas sûr de bien comprendre quand vous dites que je travaille dans mon home. J'essaye, quand j'y pense, de tout faire directement dans le projet que vous mentionnez justement. Y a t'il des configurations à faire que j'aurais oubliées ?
En tous cas, merci pour vos réponses !
Bonjour,
Maintenant je n'arrive plus à lancer de commande: ( même en faisant simplement : "interproscan.sh"
/shared/ifbstor1/software/singularity/wrappers/interproscan/5.59-91.0/interproscan.sh: ligne2: singularity : commande introuvable
/shared/ifbstor1/software/singularity/wrappers/interproscan/5.60-92.0/interproscan.sh: ligne2: singularity : commande introuvable
avant hier j'ai utiliser la version interproscan/5.59-91.0 et ça a fonctionné
Merci
Bonjour,
Il doit se passer quelque-chose dans votre environnement (avec vos variables d'environnements).
Si vous vous déconnecter/reconnecter, est-ce que cela fonctionne ?
Bonjour,
Je rencontre le même problème que celui indiqué par Emendes.
En me connectant, ce matin, la première chose que j'ai faite est de load la version d'interpro qui fonctionnait jusque la, et d'essayer d'afficher le --help. J'ai reçu la même ligne d'erreur qu'indiquée.
J'ai essayé par la suite de faire la même chose sur interproscan 5.60-92.0, et cela affiche la même chose.
Merci pour votre attention, bonne journée !
En effet, il y a un problème avec singularity... on regarde.
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Singularity : Fix
Interproscan : Fix
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