Erreur PhaMe avec dépendance samtools

Bonjour à @team.software,

j'ai lancé phaMe vendredi dernier avec la commande :
module load phame
srun phame /shared/projects/mbovis_diversity/Mbv-analyze/PhaME/phame_Chloe.ctl
et dans le slurm j'ai cette erreur :
[17:28:52] Need samtools --version >= 1.3 but you have 0 - please upgrade it.
srun: error: cpu-node-31: task 0: Exited with exit code 2

comment lui dire qu'il y a bien samtools ?
merci pour votre retour

Chloé

Bonjour Chloe,

Il semblerait que le samtools accompagnant phame ne soit pas fonctionnel.
Pouvez-vous charger manuellement le module samtools après avoir chargé phame et voir si phame fonctionne mieux, le temps que l'on corrige ce problème ?

Julien

Bonjour @julien ,

J'ai chargé dans le script samtools puis phame mais j'ai la même erreur ...
J'attendrai du coup :slight_smile:
et merci encore pour votre réponse et tout le travail effectué pour nous aider !

Chloé

Il faudrait faire l'inverse, d'abord phame puis samtools (pour qu'il surcharge le samtools inclu avec phame).

Julien

j'avais essayé aussi :smiley:
les 2 ne fonctionnent pas ... :woozy_face:

C'est toujours le même message d'erreur ?

oui !

module load phame
module load samtools/1.3.1

srun phame /shared/projects/mbovis_diversity/Mbv-analyze/PhaME/phame_Chloe.ctl

[10:27:33] Need samtools --version >= 1.3 but you have 0 - please upgrade it.
srun: error: cpu-node-29: task 0: Exited with exit code 2
slurm-18489931.out (END)

En essayant d'en savoir plus, j'ai découvert que le problème est connu et non résolu pour l'instant : https://github.com/LANL-Bioinformatics/PhaME/issues/11

Le package conda que nous avons utilisé pour déployer phame n'a pas été corrigé.

La seule solution semble de déployer phame et ses dépendances "manuellement".
Nous devrons créer une image singularity pour celà mais en attendant, je vous recommande d'installer phame manuellement en suivant cette procédure: https://github.com/LANL-Bioinformatics/PhaME#2-using-conda-to-separately-install-all-dependencies-and-get-the-develop-version-from-github

Bien à vous,

Julien

merci beaucoup @julien
je viens de regarder vos deux liens. Effectivement, j'ai souvenir qu'une stagiaire avait installé phame sur mon espace projet mais il n'y est plus ...
et par contre, je ne suis pas assez fortiche pour le faire selon les recommandations. Quand je tappe les commandes conda ... il me dit command not found ... je ne sais pas faire ...
Bref, je vais essayer de trouver un autre outil dispo sur le cluster

Chloé

Bonjour @julien

je me permets de revenir vers vous car j'ai pu faire installer Phame dans mon espace et je l'ai lancé, avec succès, en chargeant comme indiqué samtools après phame.
A la lecture des résultats, j'observe des arbres phylogénétiques en rateau et sans aucun site informatif (0). En regardant les messages d'erreurs, et en discutant avec l'ancienne master 2 qui avait fait tourner Phame, il s'avère que Mummer aurait apparemment rencontré un problème et n'aurait pas pu produire les fichiers : *_repeat_stats.txt , *norepeats.fna et *.snps . Fichiers qui sont utiles pour la suite...

Lignes qui font référence à l'erreur rencontrée :
cat: /shared/ifbstor1/projects/mbovis_diversity/Mbv-analyze/PhaME/out_sept21/results/stats/*_repeat_stats.txt: No such file or directory
mv: cannot stat ‘/shared/ifbstor1/projects/mbovis_diversity/Mbv-analyze/PhaME/out_sept21/results/norepeats.fna’: No such file or directory
mv: cannot stat ‘/shared/ifbstor1/projects/mbovis_diversity/Mbv-analyze/PhaME/out_sept21/results/
.snps’: No such file or directory

j'ai donc essayé de charger Mummer après Phame et samtools mais je rencontre alors cette erreur

Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the Bio::SeqIO module) (@INC contains: /shared/ifbstor1/projects/mbovis_diversity/src/PhaME/src/../ext/lib/perl5 /shared/ifbstor1/projects/mbovis_diversity/src/PhaME/src/../lib /shared/ifbstor1/projects/mbovis_diversity/src/PhaME/src /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/mummer4-4.0.0rc1/lib/site_perl/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/mummer4-4.0.0rc1/lib/site_perl/5.26.2 /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/mummer4-4.0.0rc1/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/mummer4-4.0.0rc1/lib/5.26.2 .) at /shared/projects/mbovis_diversity/src/PhaME/src/phame line 17.
BEGIN failed--compilation aborted at /shared/projects/mbovis_diversity/src/PhaME/src/phame line 17.

est ce que vous pouvez m'aider ?? :smiley:

merci par avance

Chloé

Bonjour Chloé,

Si vous suivant la procédure d'installation manuelle des dépendances, vous n'avez normalement plus besoin d'utiliser le module samtools ou mummer. Les outils seront installés directement dans votre environnement conda phame_env.

Concernant l'erreur Can't locate Bio/SeqIO.pm, ceci semble un autre problème connu de PhaME : https://github.com/LANL-Bioinformatics/PhaME/issues/13

La solution est de définir la variable d'environnement PERL5LIB en pointant vers votre répertoire d'installation de votre environnement conda :

Chez moi :

export PERL5LIB="/shared/home/jseiler/.conda/envs/phame_env/lib/perl5/site_perl/5.22.0"

Une fois ce problème réglé, je retrouve l'erreur initiale concernant samtools :

Need samtools --version >= 1.3 but you have 0 - please upgrade it.

Je ne vois pas trop quoi faire de plus... il faudrait peut-être que vous sollicitiez les développeurs ici : https://github.com/LANL-Bioinformatics/PhaME/issues/11

Julien