j'ai lancé phaMe vendredi dernier avec la commande :
module load phame
srun phame /shared/projects/mbovis_diversity/Mbv-analyze/PhaME/phame_Chloe.ctl
et dans le slurm j'ai cette erreur :
[17:28:52] Need samtools --version >= 1.3 but you have 0 - please upgrade it.
srun: error: cpu-node-31: task 0: Exited with exit code 2
comment lui dire qu'il y a bien samtools ?
merci pour votre retour
Il semblerait que le samtools accompagnant phame ne soit pas fonctionnel.
Pouvez-vous charger manuellement le module samtools après avoir chargé phame et voir si phame fonctionne mieux, le temps que l'on corrige ce problème ?
J'ai chargé dans le script samtools puis phame mais j'ai la même erreur ...
J'attendrai du coup
et merci encore pour votre réponse et tout le travail effectué pour nous aider !
[10:27:33] Need samtools --version >= 1.3 but you have 0 - please upgrade it.
srun: error: cpu-node-29: task 0: Exited with exit code 2
slurm-18489931.out (END)
merci beaucoup @julien
je viens de regarder vos deux liens. Effectivement, j'ai souvenir qu'une stagiaire avait installé phame sur mon espace projet mais il n'y est plus ...
et par contre, je ne suis pas assez fortiche pour le faire selon les recommandations. Quand je tappe les commandes conda ... il me dit command not found ... je ne sais pas faire ...
Bref, je vais essayer de trouver un autre outil dispo sur le cluster
je me permets de revenir vers vous car j'ai pu faire installer Phame dans mon espace et je l'ai lancé, avec succès, en chargeant comme indiqué samtools après phame.
A la lecture des résultats, j'observe des arbres phylogénétiques en rateau et sans aucun site informatif (0). En regardant les messages d'erreurs, et en discutant avec l'ancienne master 2 qui avait fait tourner Phame, il s'avère que Mummer aurait apparemment rencontré un problème et n'aurait pas pu produire les fichiers : *_repeat_stats.txt , *norepeats.fna et *.snps . Fichiers qui sont utiles pour la suite...
Lignes qui font référence à l'erreur rencontrée : cat: /shared/ifbstor1/projects/mbovis_diversity/Mbv-analyze/PhaME/out_sept21/results/stats/*_repeat_stats.txt: No such file or directory mv: cannot stat ‘/shared/ifbstor1/projects/mbovis_diversity/Mbv-analyze/PhaME/out_sept21/results/norepeats.fna’: No such file or directory mv: cannot stat ‘/shared/ifbstor1/projects/mbovis_diversity/Mbv-analyze/PhaME/out_sept21/results/.snps’: No such file or directory
j'ai donc essayé de charger Mummer après Phame et samtools mais je rencontre alors cette erreur
Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the Bio::SeqIO module) (@INC contains: /shared/ifbstor1/projects/mbovis_diversity/src/PhaME/src/../ext/lib/perl5 /shared/ifbstor1/projects/mbovis_diversity/src/PhaME/src/../lib /shared/ifbstor1/projects/mbovis_diversity/src/PhaME/src /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/mummer4-4.0.0rc1/lib/site_perl/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/mummer4-4.0.0rc1/lib/site_perl/5.26.2 /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/mummer4-4.0.0rc1/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/mummer4-4.0.0rc1/lib/5.26.2 .) at /shared/projects/mbovis_diversity/src/PhaME/src/phame line 17.
BEGIN failed--compilation aborted at /shared/projects/mbovis_diversity/src/PhaME/src/phame line 17.
Si vous suivant la procédure d'installation manuelle des dépendances, vous n'avez normalement plus besoin d'utiliser le module samtools ou mummer. Les outils seront installés directement dans votre environnement conda phame_env.