Bonjour,
En résumé j'échoue à exécuter un script R dont les instructions sont de compiler un RMarkdown. Il semble que cela vienne du fait que les tâches sont attribuées à un projet qui n'est pas le mien: l'Account "antphyl" qui existe sur le serveur /shared/ifbstor1/projects/
Merci d’avance pour votre aide
Ivan
En détail:
J'ouvre un terminal SSH sur le serveur habituel, j'ai également essayé avec core-login2
SSH session to ipourmir@core-login2.cluster.france-bioinformatique.fr
Mon Account par défaut est bien réglé
kidney_scrnaseq [################----] 209 / 250 GB
Update: 2022-12-12 18:00 - Your current default account is kidney_scrnaseq - More info: status_bars --help
Par contre j'ai beau lancer mon script avec -srun ou via un script -sbatch, le job semble être attribué à un account "antphyl" qui n'est pas le mien
[ipourmir@core-login2 ~]$ sbatch /shared/ifbstor1/projects/kidney_scrnaseq/Obradovic_processed/slurmRMD.sbatch
Submitted batch job 28178591
[ipourmir@core-login2 ~]$ sacct -j $28178591
JobID JobName Partition Account AllocCPUS State ExitCode
------------ ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --------
8178591 snakejob.+ fast antphyl 1 COMPLETED 0:0
8178591.bat+ batch antphyl 1 COMPLETED 0:0
Il y a 1 seul AllocCPU et cela résulte en une erreur de mémoire insuffisante, bien que j'ai fait varier les paramètres de toutes les façons possibles dans le script .sbatch pour allouer plus de cpus et de mémoire. Mais de toute façon le problème semble être ailleurs puisque le job devrait être attribué à mon Account « kidney_scrnaseq » et non à « antphyl ».
slurmstepd: error: Detected 1 oom-kill event(s) in StepId=28179134.0 cgroup. Some of your processes may have been killed by th
srun: error: cpu-node-14: task 0: Out Of Memory
[ipourmir@core-login2 Obradovic_processed]$ sacct --format=JobID,JobName,User,Submit,ReqCPUS,ReqMem,Start,NodeList,State,CPUTi
JobID JobName User Submit ReqCPUS ReqMem Start NodeList State CP
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28179134 Rscript ipourmir 2022-12-12T19:26:19 1 2000Mc 2022-12-12T19:26:37 cpu-node-14 OUT_OF_ME+ 00: