Erreur sra-toolkit (fastq-dump)

IFB Core Cluster Support IFB Core Cluster
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Bonjour @team.software ,
en préparation du cours DuBii, j'essaye de télécharger un jeu de données avec sra-toolkit par la commande suivante :
[vloux@clust-slurm-client ~]$ module load sra-tools
[vloux@clust-slurm-client ~]$ fastq-dump -v --split-3 --accession SRX4909245
[vloux@clust-slurm-client ~]$ echo $?
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Le programme me rend la main rapidement, sans n'avoir rien fait, sans messager d'erreur ni code de sortie d'erreur.
Auriez vous une idée du problème ? peut être qu'une mise à jour vers la version la + récente sous bioconda (2.13.0) résoudrait le problème ?
Merci d'avance

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Bonjour Valentin,

Pour info, il semble que fastq-dump soit peu à peu abandonné au profit de fasterq-dump:

fastq-dump is still supported as it handles more corner cases than fasterq-dump , but it is likely to be deprecated in the future.

Cela semble fonctionner avec fasterq-dump:

fasterq-dump -p -x SRX4909245

En effet, la version 2.10.3 semble corriger un problème segmentation fault.
La demande d'installation de la nouvelle version est en cours: add sra-tools v2.10.3 (!80) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab

Note: pour les opérations sur le cluster (téléchargement, compilation, etc), pour éviter de charger le nœud de login, il est préférable d'utiliser srun (dans notre cas, cela donnerait simplement srun fasterq-dump -p -x SRX4909245).

Bonne journée

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Merci David,
effectivement cela passe sans souci avec fasterq-dump.

Le version 2.10.3 n'a pas l'air de régler le souci de fastq-dump, mais c'est contournable avec fasterq-dump.

Je ne manquerais pas d'executer tout cela avec srun.

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Super.

sra-toolkit est quand même disponible maintenant en v2.10.3 si besoin:

module add sra-tools/2.10.3

Bonne journée

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Merci pour la réactivité et les conseils