# Erreur srun au chargement de Nextflow

**URL:** <https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-srun-au-chargement-de-nextflow/2017>\
**Category:** Nextflow\
**Created:** [Avril 1, 2022, 9:56 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-srun-au-chargement-de-nextflow/2017 "2022-04-01T09:56:51Z")\
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**Author:** ![cploix](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/c/ce7236/32.png) [@cploix](https://community.france-bioinformatique.fr/u/cploix)\
**Post date:** [Avril 1, 2022, 9:56 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-srun-au-chargement-de-nextflow/2017/1 "2022-04-01T09:56:51Z")

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Bonjour,

J'essaie d'utiliser Nextflow en utilisant la doc [configs/ifb\_core.md at master · nf-core/configs · GitHub](https://github.com/nf-core/configs/blob/master/docs/ifb_core.md). Mais j'obtiens un message :  
`srun: Job 21846496 step creation temporarily disabled, retrying`  
Après un moment à tourner, puis ça continue à tourner.

Merci !

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**Author:** ![maxulysse](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/maxulysse/32/1160_2.png) [@maxulysse](https://community.france-bioinformatique.fr/u/maxulysse)\
**Post date:** [Avril 1, 2022, 10:09 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-srun-au-chargement-de-nextflow/2017/2 "2022-04-01T10:09:09Z")

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Bonjour @cploix  
Tu peux donner plus de détails sur la commande utilisée?

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**Author:** ![cploix](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/c/ce7236/32.png) [@cploix](https://community.france-bioinformatique.fr/u/cploix)\
**Post date:** [Avril 1, 2022, 10:20 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-srun-au-chargement-de-nextflow/2017/3 "2022-04-01T10:20:36Z")

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```auto
srun --pty bash
module purge
module load nextflow/21.04.0.
nextflow run nf-core/rnaseq -r 3.2 -profile test,ifb_core

```

Même en faisant uniquement `srun --pty bash` j'ai le même problème

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**Author:** ![maxulysse](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/maxulysse/32/1160_2.png) [@maxulysse](https://community.france-bioinformatique.fr/u/maxulysse)\
**Post date:** [Avril 1, 2022, 12:36 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-srun-au-chargement-de-nextflow/2017/4 "2022-04-01T12:36:24Z")

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Je pense que c'est plus un soucis du au cluster qu'un venant de Nextflow/nf-core.  
J'ai bien peur de pas pouvoir faire plus pour t'aider.  
[@team.workflow](https://community.france-bioinformatique.fr/groups/team.workflow) une idée?

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**Author:** ![cploix](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/c/ce7236/32.png) [@cploix](https://community.france-bioinformatique.fr/u/cploix)\
**Post date:** [Avril 4, 2022, 7:57 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-srun-au-chargement-de-nextflow/2017/5 "2022-04-04T07:57:42Z")

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J'ai tenté le tuto snakemake ([Perform a quality check on raw sequencing data with Snakemake and Conda](https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/tutorials/snakemake/#2)) pour voir si ça marchait mieux. A l'étape de téléchargement des données, j'ai la même réponse.

```auto
$ srun wget -P data https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/qc-with-snakemake-and-conda/raw/master/data/CRN-107_11-R1.fastq.gz
srun: Job 21868217 step creation temporarily disabled, retrying

```

Idem pour d'autres lancement `srun`.  
Il est mieux que j'ouvre un topic au bon endroit, vu que c'est un problème de srun ?

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**Author:** ![cnoirot](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/c/90ced4/32.png) [@cnoirot](https://community.france-bioinformatique.fr/u/cnoirot)\
**Post date:** [Avril 4, 2022, 9:57 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-srun-au-chargement-de-nextflow/2017/6 "2022-04-04T09:57:24Z")

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Bonjour,  
je pense que c'est lié a ceci :

 ![image](https://community.france-bioinformatique.fr/uploads/default/original/1X/ad45af9f7499db488ff7665a1b4cebdf42fa6be6.jpeg)

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**Author:** ![cploix](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/c/ce7236/32.png) [@cploix](https://community.france-bioinformatique.fr/u/cploix)\
**Post date:** [Avril 4, 2022, 10:00 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-srun-au-chargement-de-nextflow/2017/7 "2022-04-04T10:00:10Z")

</div>

Merci de votre réponse

J'attendrai donc que tout soit à nouveau accessible pour re-tester