merci beaucoup @gildaslecorguille pour la doc et les conseils, on est toujours preneurs en tant que biologistes apprentis bio-info !!
je le reprécise mais sur 8 jobs en parallèle, un seul a fini et j'ai une sortie correcte avec page html ! je pense donc que c'est ok pour la nouvelle install ...
Chloé
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J'ai modifié l'installation, si tu veux essayer
J'ai essayé mais j'ai l'impression qu'il y a une erreur, l'analyse bloque :
longQC:2021-04-28 13:47:53,650:312:INFO:Adapter search is starting for a chunk 0.
longQC:2021-04-28 13:47:53,651:328:INFO:Computation of the GC fraction started for a chunk 0
Traceback (most recent call last):
File "/opt/LongQC/longQC.py", line 957, in
main(args)
File "/opt/LongQC/longQC.py", line 63, in main
args.handler(args)
File "/opt/LongQC/longQC.py", line 329, in command_sample
lg.calc_read_and_chunk_gc_frac(reads)
File "/opt/LongQC/lq_gcfrac.py", line 34, in calc_read_and_chunk_gc_frac
self.r_frac.append(gc_n/l)
ZeroDivisionError: division by zero
Aucune idée !
Le développeur de LongQC devrait peut-être revoir ces messages d'erreur.
Même peine, pouvez-vous poster une issue sur le répertoire git du projet : Issues · yfukasawa/LongQC · GitHub ?
Merci