Bonjour,
J'ai une erreur lorsque que je souhaite lancer cellranger mkfastq.
Mon fichier snakemake a bien le chargement du module
envmodules:
"cellranger/6.0.0 ",
"bcl2fastq/2.20.0 "
J'ai ajouté bcl2fastq suite à l'erreur:
[error] No bcl2fastq found on path. mkfastq requires bcl2fastq v2.17 or greater for RTA version: 2.11.3
Malgré l'ajout, j'ai toujours la même erreur.
J'ai également cette erreur dans mes log:
/shared/software/modules/4.6.1/init/bash: line 37: /usr/bin/tclsh: No such file or directory
Est-ce que vous avez déja remarqué ce problème avec cellranger mkfastq?
Bonne journée,
Sébastien