Bonjour @fredchaux ,
C'est une erreur assez courante avec Java.
Il faut augmenter les valeurs par défaut de mémoire utilisée par la machine virtuelle Java (JVM).
Plus d'info ici par exemple: java - What are the -Xms and -Xmx parameters when starting JVM? - Stack Overflow
Par défaut, la "JVM" pour pilon est lancé avec les options -Xms512m et -Xmx1g
Je vous propose d'essayer à nouveau avec l'option -Xmx8g (maximum memory allocation pool = 8G).
Pilon peut prendre en option les paramètres pour la JVM.
Ce qui donnerait:
module load pilon/1.23
pilon -Xmx8g --genome $assembly --unpaired minimap_reads/"$assembly"_MQ60_sorted.bam --outdir minimap_reads --changes
Pouvez-vous réessayer avec ce paramètre supplémentaire?