FAIL : Conda environment installation FAILED

Bonjour;
Je rencontre un probleme de glibc sur l'installation d'un outil conda:
The following specifications were found to be incompatible with your system:

  • feature:/linux-64::__glibc==2.17=0
  • feature:|@/linux-64::__glibc==2.17=0
  • bcftools[version='>=1.9'] -> libgcc-ng[version='>=9.3.0'] -> __glibc[version='>=2.17']
  • biopython[version='>=1.74'] -> libgcc-ng[version='>=7.5.0'] -> __glibc[version='>=2.17']
  • diamond[version='>=0.9.24'] -> libgcc-ng[version='>=9.3.0'] -> __glibc[version='>=2.17']
  • gffread[version='>=0.11.4'] -> libgcc-ng[version='>=9.3.0'] -> __glibc[version='>=2.17']
  • hisat2[version='>=2.1.0'] -> libgcc-ng[version='>=9.3.0'] -> __glibc[version='>=2.17']
  • numpy[version='>=1.16.4'] -> libgcc-ng[version='>=7.5.0'] -> __glibc[version='>=2.17']
  • pandas[version='>=0.25.0'] -> libgcc-ng[version='>=7.5.0'] -> __glibc[version='>=2.17']
  • perl-math-random[version='>=0.72'] -> libgcc-ng[version='>=7.3.0'] -> __glibc[version='>=2.17']
  • pysam[version='>=0.15.3'] -> libgcc-ng[version='>=9.3.0'] -> __glibc[version='>=2.17']
  • python[version='>=3.6.9'] -> libgcc-ng[version='>=7.5.0'] -> __glibc[version='>=2.17']
  • samtools[version='>=1.9'] -> libgcc-ng[version='>=9.3.0'] -> __glibc[version='>=2.17']

Your installed version is: 2.17

Note that strict channel priority may have removed packages required for satisfiability.

FAIL : Conda environment installation FAILED.

Merci pour votre aide éventuelle.

Bonjour,

C'est possible d'avoir le fichier env.yml qui sert a construire l'env ?

A priori c'est un souci de dépendance incompatible, et c'est ce fichier qui défini les contrainte lié a l'installation.

En alternative, il y'a possibilité de testé avec mamba, qui souvent a des messages d'erreur + explicite que conda

Salut François; merci pour ton email; il n'y a pas d'urgence c'est juste pour comprendre.

Voici le dépôt Git de l'outil:

name: ISeeker_environment
channels:
  - plotly
  - defaults
  - bioconda
  - conda-forge
dependencies:
  - bcftools>=1.9
  - biopython>=1.74
  - diamond>=0.9.24
  - gffread>=0.11.4
  - gtfparse>=1.2.0
  - hisat2>=2.1.0
  - numpy>=1.16.4
  - pandas>=0.25.0
  - plotly>=4.0.0
  - pysam>=0.15.3
  - python>=3.6.9
  - samtools>=1.9
  - star>=2.7.1a
  - transdecoder>=5.5.0
  - gcc_linux-64>=7.3.0
  - perl-test-more>=1.001002
  - perl-test-warn>=0.36
  - perl-bioperl-core>=1.007002
  - perl-getopt-long>=2.50
  - perl-list-moreutils>=0.428
  - perl-math-random>=0.72

merci,

Du coup le script qui lance conda est la : setup.sh · master · Emilien Lasguignes / intronSeeker · GitLab
Et le fichier env.yml que je cherchais est la : config/environment.yml · master · Emilien Lasguignes / intronSeeker · GitLab

De manière général, les fichiers env conda on tendance a mal vieillir, en particulier quand on essaye de les installer 2 ans après (comme ça a l'air d’être le cas ici)

La principale raison, c'est que les mainteneur de package conda sont pas toujours très sérieux par rapport a la gestion des versions, parfois il font des changement dans le package mais tag quand même avec l'ancien numéro de version...
C'est pas la cas pour tout les packages conda, mais je le vois quand même souvent. Et de manière général ça va plutôt en s’améliorant.

Cependant il y'a quand même 2 souci avec ce fichier environnement,

  • le premier c'est qu'il ne respecte pas les recommandations de conda et bioconda pour l'ordre des channels. (je peux fournir les liens vers les recommandations si nécessaire)
  • le deuxieme c'est dans les dependencies : '>=' ca ne permet pas vraiment de maîtriser la version d'un package, si ca se trouve en 2 ans il y'a plusieurs de ces packages qui ont beaucoup augmenter de version, et avec cette règle "supérieur ou égal" et bah conda va essayer de prendre les + récent, qui ne sont pas forcement compatible entre eux, ou avec le logiciel cible ...

Enfin bref, c'est clairement ce fichier qui est a revoir, et mettre à jour.

En parallèle de cette analyse, j'ai essayé de créer l'env avec mamba dont j'ai parlé plus haut. Et mamba a réussi la création de l'environnement :slight_smile:

Sans doute parce qu’il ne gère pas les dependencies de la mème façon que conda et aussi parce qu’il est beaucoup + strict sur l'ordre des channels.

A mon avis ca se tente de l'installer et remplacer les occurence de conda par mamba dans le script shell. J'estime à 80% les chances que ca debloque la situation :wink:

Edit: Attention c'est les 'conda env' qui sont a remplacer par 'mamba env', il ne faut pas utiliser mamba pour les 'conda activate'

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OK François je te remercie pour ton aide;

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