# Fatal error 127 for bowtie2 alignement

**URL:** <https://community.france-bioinformatique.fr/t/fatal-error-127-for-bowtie2-alignement/6733>\
**Category:** Galaxy\
**Created:** [Novembre 24, 2025, 12:56 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/fatal-error-127-for-bowtie2-alignement/6733 "2025-11-24T12:56:52Z")\
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**Author:** ![CarolineDcrl30](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/carolinedcrl30/32/1842_2.png) [@CarolineDcrl30](https://community.france-bioinformatique.fr/u/CarolineDcrl30)\
**Post date:** [Novembre 24, 2025, 12:56 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/fatal-error-127-for-bowtie2-alignement/6733/1 "2025-11-24T12:56:52Z")

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Bonjour, j'essaie depuis vendredi de faire des alignements de mes fichiers de séquençage avec bowtie2 et j'obtiens l'erreur suivante:

### Dataset Error Report

An error occurred while running the tool **toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/devteam/bowtie2/bowtie2/2.5.4+galaxy0**.

#### Details

Execution resulted in the following messages:

```auto
                Fatal error: Exit code 127 ()
            

```

J'ai appairé mes fichiers R1 et R2 dans une liste et lancé bowtie2 en paired-end. Je ne sais pas si je fais quelque chose qui n’est pas correct ? Merci pour votre aide,

Caroline

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**Author:** ![tchaussepied](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/t/45deac/32.png) [@tchaussepied](https://community.france-bioinformatique.fr/u/tchaussepied)\
**Post date:** [Novembre 24, 2025, 4:39 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/fatal-error-127-for-bowtie2-alignement/6733/2 "2025-11-24T16:39:08Z")

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Bonjour,  
comme indiqué dans mon mail, nous sommes en train de chercher la cause de cette erreur.  
Bonne journée  
Thomas