Bonjour,
Je souhaite utiliser featureCounts avec une "Gene annotation file" pour genome mm10.
Quand je sélectionne "featureCounts built-in" apparait "no option available", alors qu'il est précisé "Built-in gene annotations for genomes hg38, hg19, mm10 and mm9 are included in featureCounts".
Pourriez-vous ajouter le gtf correspondant svp ?
Merci par avance,
Bien cordialement,
Bertrand
Bonjour @bcosson
Ces fichiers sont déjà présents sur usegalaxy.fr. L'option featureCounts built-in a besoin d'un fichier d'entrée bam pour fonctionner (dans Alignment file).
Avez vous pensé à importer un fichier bam dans votre historique avant de regarder les différentes options ?
Thomas
Bonsoir Thomas, avez vous essayé de lancer featureCounts ?
ci joint la capture d'écran... "No options available"
Bonne soirée
Bertrand
J'ai observé que l'erreur se produit avec une dataset collection.
Quand la page featureCounts s'affiche, si l'on choisit un Alignement file, et que l'on sélectionne ensuite feature counts built in, on aura pas d'option de feature counts built in.
Quand la page featureCounts s'affiche, il faut d'abord sélectionner "feature counts built in" et ensuite seulement sélectionner une dataset collection.
Bonne soirée,
Bertrand