Formation Cancéropôle du 23-25/09/2020 : installation de packages + dossier partagé pour déposer les datasets

rstudio server

On a effectivement eu des alertes de notre monitoring concernant l'utilisation du CPU.

On regarde ce qui se passe et on vous tiens au courant.

C'est apparemment le filesystem qui galère un peu, on est en train de chercher pourquoi.

est-ce que vous pouvez nous fournir une courte liste d'instruction R qui nous permettrai de reproduire l'erreur ?

Est-ce que vous pouvez vérifier sur le cluster en ssh si vous avez la même erreur ?

Et/ou vérifier sur jupiterhub https://jupyterhub.cluster.france-bioinformatique.fr/ (même login et mot de passe que pour rstudio)

library(DESeq2)
countsdatapath <- "/shared/projects/canceropole_ngs_2020/data/rnaseq/countsdata"
d <- read.csv(file.path(countsdatapath,"tablecounts_raw.csv"), row.names = 1)
d <- as.matrix(d)
splan <- read.csv(file.path(countsdatapath,"SAMPLE_PLAN"), row.names=1, header=FALSE)
colnames(splan) <- c("sname","subtype")
colnames(d) <- as.character(splan[colnames(d),"sname"])
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=d, DataFrame(condition=splan$subtype), ~ condition)
dds <- estimateSizeFactors(dds)
dds <- dds[ rowSums(counts(dds)) > 0, ]
rld <- rlog(dds, blind=TRUE)

Je vais tester en SSH

Merci

Merci !

Peut-être pouvez essayer de jouer avec setSessionTimeLimit()

Sur mon compte cette fonction me permet d'obtenir un résultat dans "rld":

Cependant, je remarque aussi quand je test sur mon compte que la commande qui permet de provisionner "rld" utilise beaucoup de CPU, si tout les étudiants l'utilisent en même temps, le serveur risque de souffrir un peu

A priori le Cancéropôle avait demandé de réserver justement pas mal de ressources pour ce TP car notamment demain nous allons faire une journée complète d'analyse single-cell avec les 21 participants, donc ça va être assez violent :

image

La machine où tourne Rstudio a 56 CPU :wink:

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Bonsoir, pour ce qui et du fork de SeuratV3Wizard sur mon github, j'ai l'impression que c'est toujours la version de septembre de l'ui.R qui est chargée dans l'environnement conda quand on fait library(SeuratV3Wizard) et pas l'ui.R que j'ai modifié il y a 2 jours dans mon fork github.

Est-ce qu'il faut qu'on pointe vers un endroit particulier ?

Merci

En effet c'est une erreur de ma part, j'ai fait la mise à jour seulement sur r/4.0.2 alors que rstudio utilise encore le r/3.6.3.
Je viens de relancer la pipeline pour r/3.6.3 : https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/r-packages/-/pipelines/194131922

Super, merci beaucoup pour cette réactivité :smiley:

Très bonne soirée

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Bonjour @gildaslecorguille @team.ifbcorecluster,

J'assiste à la formation du cancéropole sur le RNASeq

Je voulais juste vous mettre un petit message pour savoir si mon compte IFB est bien dissocié de cette formation, et donc si je vais bien le garder par la suite ? (avec tout ce que je vous ai sollicité ces dernières semaines ce serait dommage !! :sweat_smile: )

Merci par avance !

Cordialement

Guillaume

Bonjour @gbeinse,

Les comptes nominatif (avec votre mail, et votre login unique) ne sont pas supprimé même après les formations.

En faite les formations sont plus ou moins des projets comme les autres sur le cluster.

Et chaque compte utilisateur peux être associé à un ou plusieurs projet.

Il y a cependant une limite dans le temps (1 an) pour les comptes utilisateurs et pour les projets mais qui peux être renouveler sur simple demande et qui pour l'instant n'est pas vraiment appliqué.

Bonjour,

pour information il y a un certain yguitton (qui ne fait pas partie de la formation) qui a pris (et prend toujours) 38 CPUs sur les 56, du coup ça a été compliqué le TP single-cell :wink:

Merci @Francois pour votre réponse !

Oui j'ai vu ça en m'inscrivant. Je pensais en effet vous solliciter pour une demande de renouvellement pour ma 2ème année de thèse et merci pour l'information selon laquelle c'est possible !

Encore merci pour l'outil IFB !!

Cordialement

Guillaume

Ok je vais regarder et éventuellement le contacter

J'ai tué sa session et je lui ai envoyé un mail d'excuse.