Bonjour,
Je suis en train de tester FROGS avec un jeu de reads de départ de 3.6 GB. J'ai actuellement un message d'erreur "This job was terminated because it used more memory than it was allocated." pour
FROGS Clusters stat (après FROGS Remove chimera) ainsi que pour FROGS OTU Filters. Serait-il possible de résoudre cette erreur ?
Merci de votre aide,
Annie
Bienvenue sur le forum IFB @AnnieLebreton ! Je regarde pour augmenter la mémoire de ces 2 outils.
Loraine
C'est en cours : Add resources for FROGS tools (!449) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab
Merci @lgueguen !
Je viens de tester, le FROGS OTU Filters marche nickel par contre le cluster stat crash toujours après le clustering swarm et le remove chimera (même problème de mémoire). Note, il finit de tourner correctement après les filtres du FROGS OTU mais j'ai un bug à l'affichage... Je fais un nouveau sujet 
Bonne journée,
Annie
Bonjour @AnnieLebreton
C'est en cours de correction : increase mem for FROGS_clusters_stat (!452) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab
Quel est le message d'erreur ?
pareil : "This job was terminated because it used more memory than it was allocated."
et dans le débugg " An error occurred while running the tool toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/frogs/frogs/FROGS_clusters_stat/3.2.3+galaxy2."
Salut @AnnieLebreton
J'ai à nouveau augmenté la mémoire pour l'outil... : increase again mem for FROGS_clusters_stat (!457) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab
J'espère que ça va aller cette fois 
Bonjour @lgueguen,
ça ne fonctionne toujours pas (même erreur) mais j'ai pu trouver l'info que je cherchais dans les autres rapports d'outils donc je ne pense pas que ça vaille le coup de passer trop de temps dessus.
Bonne année !
Bonne année à toi également !
J'ai tenté une nouvelle augmentation de la mémoire : Again increase mem for frogs clusters_stat (!461) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab
Est-ce que tu pourrais relancer pour vérifier si cela résout le pb, stp ?
Merci!
Loraine
Bonjour Loraine,
Eh non, ça ne marche toujours pas... Il a l'air sacrément gourmand en mémoire cet outil !
Annie
mmm...
Pourrais-tu me copier-coller les "job metrics" du dataset, à la fin de la fenêtre qui s'affiche quand tu cliques sur l'icone "i" en bas du dataset, stp ?
C'est l'outil clustering swarm ou clusters stat qui plante ? Les jobs metrics envoyés correspondent au 1er, alors que j'ai modifié la mémoire pour le 2e.
C'est le cluster stat qui plante mais je n'ai pas de jobs metrics sur le résultat du cluster stat qui plante
Il semble que les 2 dernières augmentation de mem de clusters stat n'avaient pas été prises en compte... Tu pourrais relancer maintenant stp ?
merci pour tes retours !
Loraine
ça fonctionne !!!
Merci